侯邦国可自行订定官方宗教，臣民不愿改宗者限期迁出；加尔文宗获帝国承认为合法宗教；教产的归属以1624年为标准年，在1624年1月1日之前占有的教产可以保留。
4.神圣罗马帝国内各诸侯邦国有外交自主权，唯不得对帝国皇帝及皇室宣战；而帝国皇帝依然无权决定任何重大问题，如宣战、媾和、课税和征兵等。
5.正式承认尼德兰联省共和国和瑞士为独立国家；
6.哈布斯堡皇室的部分领地被迫割与法国、瑞典和部分帝国内的新教诸侯：
法国得到洛林内梅林、图尔、凡尔登三个主教区和除斯特拉斯堡以外的整个阿尔萨斯；
瑞典获取西波美拉尼亚地区和维斯马城、不来梅－维尔登两个主教区；勃兰登堡获得东波美拉尼亚地区和马格德堡、哈尔勃斯塔特、卡明、明登等主教区；萨克森获得路萨蒂亚地区；普法尔茨公国一分为二，信奉天主教的上普法尔茨与巴伐利亚合并，信奉新教的下普法尔茨维持独立。
7.神圣罗马帝国皇帝选举不得在现任皇帝在世时进行，以免皇帝干预影响结果。
8.法国和瑞典在神圣罗马帝国议会有代表权，巴伐利亚公爵被封为选帝侯。
9.瑞典获得神圣罗马帝国500万塔勒的赔款。
《威斯特伐利亚和约》削弱了哈布斯堡王朝的统治，加深了德意志政治上的分裂，划定了欧洲大陆各国的国界，改变了欧洲政治力量对比。
同时，和约作为欧洲中世纪与近代史时期之交的第一个多边条约它既是近代国际法的实际源头，又是国际关系史上的一个里程碑。《威斯特伐利亚和约》建立起来的威斯特伐利亚体系是近代意义上的第一个国际关系体系。
现在的神圣罗马帝国皇帝鲁道夫二世（1576年—1612年在位），被传统历史观点认为是一个碌碌无为的统治者，他的政治失误直接导致了三十年战争的爆发。
他同时又是文艺复兴艺术的忠实爱好者，还热衷神秘艺术和知识，促进了科学革命的发展。他对当时的艺术和科学表现出浓厚的兴趣，同天文学家第谷·布拉赫和约翰内斯·开普勒联系密切，先后任命他们为皇家天文学家编制星行表。
鲁道夫二世并不是一个令人生恶的暴君，但也不是一个好皇帝。也许是生不逢时，也许是不幸生在帝王家。
无论是其他时间的神圣罗马帝国还是当时大多其他国家，一个碌碌无为(或者美其名曰无为而治）的君主总是能被容忍，甚至是各方势力所乐见的。
偏偏这个时候的神圣罗马帝国，急需一位强势的君主，鲁道夫二世的庸碌，让帝国错过了最后挽回的抢救机会，也注定了自己的悲惨结局，还不可避免的背了一个大黑锅。
平心而论，这时神圣罗马帝国的情况，是否是君王个人能力所能扭转的，都是一个问题。不过鲁道夫三世