原墨卷一字不差，然后再把这校对后朱卷送入内帘阅卷，而原墨卷则保存在受卷处，供出榜时拆封核对，并送礼部磨勘。
而会试与乡试阅卷的不同之处，在于会试将所有考生的卷子依考生地域，区分为南北卷。
所谓南北卷，乃是大明科举根据南北社会文化水平发展的不同，在南北方考生中按比例录用的一套制度。
其制源于太祖时期发生的‘南北榜’事件。当时，在一科会试中，主考官刘三吾所取五十二名进士皆南方士子，太祖因此而怒，认为所取偏颇，又再度主持忽视，并亲自阅卷，定进士六十一名皆北士。
从此，大明科举定下南北卷取士制度，以地域分配会试录取名额。
到了宣德年间，又从南北卷中分出中卷，规定每百名会试录取名额中，南卷取五十五名，北卷取三十五名，中卷取十名。
其中，南卷的范围包括浙江、江西、福建、湖广、广东五省，及南直隶部分地区。北卷范围是山东、山西、河南、陕西四省及北直隶。中卷则取四川、广西、云南、贵州四省及南直隶部分地区的士子。
如此一来，教育相对落后的北方，在会试之中，不至于在榜上仅有为数不多的名额，这也是大明一种保障会试公平公正的制度。
隆庆二年的会试后，授贡士四百零九名，按照比例，南卷取两百二十五名名，北卷取一百四十三名，中卷则取四十一名。
内帘阅卷处有《诗》五房、《易》四房、《书》四房、《礼》二房、《春秋》二房，总计十七房，每一房有一位同考官，都是从七品以上的部院官中挑选学问人品口碑佳的官员担任。除房官外，每房还有四到五名阅卷官，这些阅卷官大都是翰林院和詹士府的词林官。
分发道各房的卷子，有阅卷官先读卷，若卷上有范讳之处，就先行黜落。
另外，首场七篇制艺对字数也有严格要求，头三道四书提字数须在三百到六百之间，四道五经题字数则不得少于五百，若是不合要求的，也要剔除，这也是很多读书人对科举中的八股文深恶痛绝的原因之一。
如此一来，一房中三百余卷子，因卷子违例就要剔除十分之一以上，这些被剔除卷子的考生，卷子还未被阅卷官仔细看过，就沦为会试陪跑，只能在三年之后再战。
此刻，在其中一个尚书房里，同考官翰林院修撰申时行，正与手下的四名阅卷官在细微入至地阅卷。因署理报社之事，申时行已是确定要升官了，是张居正一手推荐的，职位是左春坊左中允。
开始阅卷之先，申时行将四位阅卷官召集过来，慎重道：“诸位都是经过多年寒窗苦读，明白其中滋味。今诸位身为阅卷官，当思当年科考之苦，务必要认真细致阅卷，公正评判，不要错漏了贤才。”
众阅卷官皆是应道：“申大人放心，我等必定认真阅卷，绝不敢怠慢。”
申时行