武装力量包括当地驻军、后方调过去的援军、朝鲜盟军都归熊廷弼统一调度。王化贞是辽东巡抚，负责辽东地区的军政，只管当地驻军。在军事上，经略相当于元帅，巡抚相当于将军，经略是巡抚的上级。经略负责筹划。巡抚负责执行。
熊廷弼到辽东后重新布防，要求王化贞集中兵力守住广宁（辽宁锦州北镇市）。他计划在金兵攻打广宁时，出动水军从海路奔袭辽东，切断金兵退路，趁虚而入直捣黄龙府。
但王化贞不肯听从熊廷弼指挥，派兵据守各个据点，寸土必争，结果分散了广宁的守城兵力。
熊廷弼主张立足于防御，打防守反击。王化贞主张反攻，打全攻全守。两个人作战思路不同，对作战部署意见不一。熊廷弼上书朝廷指责王化贞不听指挥。王化贞上书朝廷指责熊廷弼畏敌惧战。内阁首辅和兵部尚书都是东林党人，无条件支持王化贞。王化贞有人撑腰，更加蔑视熊廷弼的军令。熊廷弼于是被架空。
王化贞的部将毛文龙奇袭镇江镇（辽宁丹东）得手，取得镇江大捷。朝廷闻讯大喜，更加相信王化贞，打算撤了熊廷弼让王化贞做辽东经略。天启帝没有批准。
党争已经造成将帅失和，军队失去统一指挥。
1622年，王化贞调集部队反攻后金。
熊廷弼也奉朝廷之命出兵配合。王化贞反倒成了熊廷弼的领导。
但是王化贞和朝廷寄予厚望的反攻以惨败告终。王化贞的部将孙得功临阵脱逃造成明军全线溃败。
败兵逃回广宁，引起城内大乱。孙得功逃回广宁后阴谋生擒王化贞然后向努尔哈赤献城投降。王化贞的卫兵发现不妙，护着王化贞逃出广宁。广宁随即落到孙得功之手。
王化贞在南逃路上遇到熊廷弼。熊廷弼听说前线溃败，弃城而逃。王化贞手里已经没有了军队，熊廷弼手里还有五千军队，王化贞请求熊廷弼和他一起夺回广宁。
熊廷弼拒绝。他讥笑王化贞：你不是说给你六万军队就能荡平金兵吗？结果如何？
熊廷弼沿途收集溃败下来的军民，进入山海关。
两天后，金兵杀至广宁。叛将孙得功把金兵迎进广宁。
广宁丢了，辽西防线崩溃。明军不得不放弃辽西，全线退守山海关。
广宁兵败震惊了朝廷。天启帝将王化贞逮捕下狱，将熊廷弼撤职查办。兵败之罪的主要责任人应该是王化贞。但负责审理此案的官员是东林党人，将熊廷弼和王化贞都判为死刑。
“廷弼令汪文言贿內廷四万金祈缓，既而背之。魏忠贤大恨，誓速斩廷弼。”熊廷弼托朋友汪文言贿赂魏忠贤四万两白银请求改判死缓。但改判实现后，熊廷弼并没有按照事先约定付给魏忠贤“四万金”。魏忠贤大怒，发誓报复，再次改判熊廷弼斩立决。熊廷弼被杀后，“传首九边”，首级被送往各边镇展出，作为弃城而逃的警示。