毛文龙手里也有尚方宝剑，也有“便宜行事”的权力，怎么就犯了该杀的罪呢？
袁崇焕指责毛文龙为魏忠贤立塑像。其实袁崇焕也为魏忠贤建过生祠（给活人建的纪念堂）。魏忠贤当权时，给魏忠贤拍马屁的人多了去了。袁崇焕上奏折时吹捧魏忠贤是“稷契夔[kui]龙”（尧舜时代的名臣）。
他说毛文龙镇守皮岛8年也没能收复东北失土。以当时的条件，毛文龙能守住皮岛就不错了，收复失土勉为其难。并且，虽然说毛文龙没能收复失土，但他在北面牵制住金兵，使金兵有后顾之忧不敢放胆南下。毛文龙这也是有功的。
如果崇祯杀袁崇焕是自毁长城，袁崇焕杀毛文龙也是自毁长城。大敌当前，本是团结一切力量抗敌的时候，他们却在那里窝里斗。
袁崇焕杀了毛文龙的消息传到北京。“帝骤闻，意殊骇，念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答”。袁崇焕是二品，毛文龙是一品，级别比袁崇焕还高。毛文龙因为在东北立下无数战功被皇上封为太子太保、从一品。这虽然只是名誉衔，他的实职只是总兵，但毕竟是朝廷大员。袁崇焕说杀就杀了，也不打招呼，这不能不让崇祯感到震惊。
最要命的是，袁崇焕使别人误解是皇帝要杀毛文龙而不是他自己。他杀毛文龙时把皇帝赐给他的尚方宝剑亮出来，一剑砍掉毛文龙的头。用皇帝的剑杀人，这不跟借刀杀人一个意思吗。把坏事推到皇帝身上，嫁祸于人，崇祯能高兴吗？
但人已经死了，说什么都晚了。现在手头可用之人只有袁崇焕，崇祯还指望袁崇焕五年收复国土，只能接受既成事实。
但崇祯在心里给袁崇焕记下一笔。
毛文龙死了，皇太极摆宴庆贺。金兵但凡南下攻明，毛文龙必出来活动，让金人心存顾忌。现在好了，金人没了后顾之忧。
皮岛上的明军人心散了，替毛文龙寒心，不愿为袁崇焕卖命。
1629年，皇太极倾巢出动南下侵明。
后金这些年一直在不断扩充军队。皇太极把降服的蒙古人和汉人编入军队，建立了蒙八旗和汉八旗。金军数量已经达到数十万人。
皇太极南侵不敢碰袁崇焕，而是绕过山海关，取道蒙古长途奔袭北京。袁崇焕闻讯大惊，急忙亲率骑兵驰援。他在蓟州截住皇太极。皇太极见袁崇焕来了，马上绕道向西而走。
西边是北京。袁崇焕马上意识到皇太极是打北京的主意，急忙率兵抢先一步来到北京。袁崇焕前脚到，皇太极后脚来。京城震惊，都骂袁崇焕引狼入室。
朝野都知道袁崇焕跟皇太极私自议和的事。虽然袁崇焕说他是假议和，但仍打消不了朝廷对他的疑虑。前线将领的任务是打仗，没有权力议和，瞒着朝廷和皇帝私下跟对方接触便有通敌的嫌疑。
这回皇太极“跟着”袁崇焕杀到北京，人们马上联想起袁崇焕跟皇太极私下议和的事，都说袁崇焕