尔丹，彻底解决噶尔丹这个隐患，又担心噶尔丹闻讯远遁躲藏，大军出动无功而返。他让蒙古科尔沁部去勾引噶尔丹，假称科尔沁人愿意归附噶尔丹，请噶尔丹率军来接应。
噶尔丹果然上当，率军进至巴颜乌兰（在蒙古国温都尔汗西）。
康熙得信立即率军进剿，三路包抄噶尔丹。
噶尔丹没等来科尔沁人却等来清军，知道中计，仓皇西逃。康熙率领中路军在后面紧追不舍，同时命令西路军包抄堵截。
噶尔丹在昭莫多（在蒙古国乌兰巴托南）被清军的西路军截住。
双方激战一整天，清军大败葛尔丹。葛尔丹仅率数十人逃走。
葛尔丹元气大伤，但拒绝投降清朝。康熙不想给他东山再起的机会，决定第三次远征噶尔丹，深入噶尔丹的老巢捉拿噶尔丹。
1697年，康熙率军来到宁夏，派兵四出，搜剿噶尔丹。
噶尔丹的手下见噶尔丹大势已去纷纷脱离噶尔丹投降清朝。噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦决定跟康熙合作，率军袭取了噶尔丹的老巢伊犁，阻止噶尔丹继续西逃。葛尔丹众叛亲离，走投无路，服毒自杀。策妄阿拉布坦将噶尔丹的骨灰献给康熙。康熙封策妄阿拉布坦为准噶尔大汗，率军回京。
康熙平定噶尔丹之乱的战争以完胜而告终。
但是，消灭了葛尔丹并不意味着消除了准噶尔之患。准噶尔蛰伏一段时间后，在策妄阿拉布坦的率领下再次崛起。只不过那已是康熙死了之后的事情了。
康熙三征准噶尔不仅消除了边患，还把蒙古草原一百多万平方公里的土地全部划入清朝的版图。
自此，清朝的版图基本定型。版图面积是明朝的4倍。
后来，偌大的疆土后来被汉人政权中华民国得了去，算是满清占领中国二百年的一个补偿。