克，也就是旗长。雍正把青海蒙古人分为29个旗（相当于地区）。每个旗找一个蒙古人担任扎萨克。扎萨克接受清廷任命和管理，代表清廷管理旗内事务。虽然仍然保留了一部分自治权，但相比罗卜藏丹津时期，青海蒙古人已经直接受控于清廷管理之下。后来青海蒙古人的自主权逐渐缩小，最终归于中原政权的统一管理，成为中国版图实实在在的一部分。
西藏开始时也是实行民族高度自治。后来蒙古人入侵拉萨。藏人向清朝求救。清朝立即派兵进藏赶走蒙古人。之后清军以协防为由驻军拉萨，插手西藏管理。西藏新政府不得不接受清廷任命。后来雍正在拉萨设衙门直接管理西藏。西藏由高度自治转为有限自治。
在青海、西藏之后，雍正开始处理西南少数民族问题。西南少数民族实力较弱，雍正连有限自治权都不想给他们。
他派兵强势进入西南实行改土归流，不服就打。他用了五年时间将云贵地区的土司废掉，实行州县直接管理。四川和两湖两广的土司随后也被解决。
改土归流不仅涉及范围大，并且涉及的民族众多，包括苗、侗、布衣、水、彝、纳西、壯、瑤、土家等十九个民族。
清军连剿带抚把改土归流的任务完成了。“逆者剿，顺者抚”。抗拒改土归流的土司连有限的自治权都不给你，直接灭掉，划归州县直接管理。肯与政府合作的土司还可以保留部分自治权。但政府完全不插手部落内部事务的时代已经一去不复返了。
那些保留下来的自治区只拥有有限自治权，不能再拥有自己的军队、独立的政府和外交、法律。国家的统一程度加大、加深了。
雍正不仅对边疆少数民族下手，对本族也毫不心慈手软。他下令取消满清八旗旗主（满清称都统）的世袭权力，把旗主变成一个普通官职。皇帝可以随时任命旗主。一声令下，八旗也被改土归流了。
这些事都让雍正挨骂不少，但对于国家统一是有非常重大的意义。
雍正是清朝挨骂最多的皇帝，但却是干得最出色的皇帝，至少是之一吧。