清朝周旋。
捻军又叫捻匪。“捻”是淮河一带的方言，是一股一拨一伙的意思。他们本来是活跃在淮河流域似匪似盗的非法组织，在太平军北上时群起响应加入了太平军。不过他们的加入属于“听封不听调”，仍然保留自己编制。
太平天国灭亡后，捻军恢复匪的状态，不再为建邦立国奋战，仅仅为了江湖存身。残余的太平军反过来加入了捻军一起行走江湖。
清军围剿一直不见成效。清廷就把剿匪的任务交给了李鸿章的淮军。
李鸿章不负众望最终平息了捻乱。他因功被封为湖广总督，跟老师曾国藩平起平坐。
洪秀全和太平天国到此就算告一段落。
还好，太平天国失败了。如果太平天国取胜，中国就有可能成为一个政教合一的国家。那我们过礼拜天就得真的要去做礼拜了，并且要过和尚尼姑的日子。不过，洪秀全毕竟是为了一种理想、一种信仰而战，不是为了私利私欲。他领导的太平军还是当得起起义军三个字的。
汉人将领在剿灭太平军和捻军过程中起到关键作用。战争结束后，慈禧封曾国藩为侯爵，封曾国荃、李鸿章、左宗棠等为伯爵。
不过曾国藩兄弟在战后落下个外号“曾剃头”、“曾屠户”。因为他们杀人太多了。曾国荃攻破天京后，以搜查太平军的名义屠城。“三日之间毙贼共十余万人，秦淮长河，尸首如麻”。“沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未满二、三岁者亦斫戳以为戏。匍匐道上，妇女四十岁以下者，一人俱无；老者无不负伤，或十余刀，数十刀，哀号之声达于四远”。当时城中只有万余太平军。曾国荃所杀的“贼”里面大部分是无辜的百姓。这是湘军版的“南京大屠杀”。
清朝在平定太平天国之后进入相对的安定期。
虽然各地仍有太平军或捻军残余，但已无关大局。唯一麻烦点的是陕甘地区回民变乱和新疆回民叛乱，清廷派左宗棠率军去围剿。
列强和清朝联手剿灭了洪秀全以后，关系进入蜜月期。偶有龌龊也是因为民间对洋人、洋教的抵制。各地都有百姓怒砸教堂、杀死洋人的骚乱发生。清廷尽量处理得让洋人满意。
1864年，新疆库车爆发叛乱。
清朝的伊犁将军常清急派一千清兵前去平乱。但清兵还没赶到库车，库车就已经被叛兵攻陷。叛兵以当地阿訇（相当于牧师）热西丁为首在库车建立了一个政教合一的割据政权。
热西丁是一个狂热的宗教jd分子，喊出“伊斯兰的宝剑已经砍到了异教徒的头上”的口号，煽动维吾尔人屠杀满、蒙、汉、藏、回等非维吾尔族人。
热西丁分兵四出，沿途大杀所谓“异教徒”和“叛教者”。南疆地区随即骚动起来。
迪化（乌鲁木齐）的回族阿訇妥明也趁机聚众作乱，攻击满、蒙、汉等族。北疆也跟着乱了。