陇西，很容易便拿下陇西。
汉军与隗嚣作战期间，公孙述趁虚而入顺江而下杀入湖北。巴蜀军队击败汉军占据了荆门（湖北宜昌长江西岸）。
光武帝摆平陇西之后调转枪口去打巴蜀。汉军为打巴蜀特意建造了数千艘楼船。楼船类似装甲运兵船，只露船桨不露人。汉军坐着楼船逆江而上杀入巴蜀。巴蜀守军对汉军的楼船束手无策。他们的弓箭伤不到汉军。汉军却可以站在楼船上向他们射箭。巴蜀以浮桥拦截楼船。汉军则烧毁浮桥继续前进。
汉军长驱直入杀到江州（重庆）。重庆一时难以攻克，汉军使用蛙跳战术，继续逆江而上。
公孙述调集全部兵力部署到长江沿线准备阻击汉军。汉军见状退回江州，沿岷江逆江而上两千里，攻克了武阳（四川眉山彭山县）。武阳离公孙述的都城成都只有数十里。公孙述在长江布置的道道防线全部白费。
巴蜀军心大乱。
汉军向成都发动总攻，八战八捷，杀入成都外城。公孙述拿出所有的金银财宝，招募了五千敢死队。敢死队奇袭汉军，差点杀死汉军主帅。汉军主帅侥幸逃生，打算撤军，所幸被手下劝阻。汉军打起精神再战，三战三捷，打败了成都守军。公孙述战死。成都宣布投降。巴蜀最终被汉军平定。
打下陇西和巴蜀，光武帝基本恢复了汉高祖时期的版图。虽然距西汉鼎盛时期还有很大差距，但光武帝不想再打了。
原本隗嚣和公孙述都不想打，但他们主动出击跟光武帝争天下，光武帝不得不打。
北方的匈奴不断袭击东汉边境，但暂时威胁不到光武帝的政权，光武帝只守不攻，赶走了事。
凉州（甘肃、宁夏、青海境内湟水流域）的羌人作乱。光武帝派大将马援率军镇守陇西，剿抚并用，抓大放小。只要肯归顺东汉的羌人允许他们在内地居住。
匈奴跟羌人后来成为东汉隐患。但光武帝无力讨伐也只能如此。
光武帝迫切需要时间恢复国力。
破坏生产和经济发展的最大杀手就是战争，规模越大，时间越长，破坏力越强。光武帝决定罢兵息战，恢复国内残破的经济。
光武帝在初定天下后把工作重心转移到战后重建上面，除非万不得已绝口不提军事，不提用兵。
混战进行了十几年。你唱罢来我登场，城头变换大王旗。在铁蹄反复碾压之下，城市变为废墟，百姓变为白骨。混战结束后，中国已是满目疮痍，人口凋零。
新朝时中国人口将近6000万。战乱之后，“百姓虚耗，十有二存”。也就是说十分之八的人死的死，逃的逃。刘秀将人口太少的县与其他县合并，把多余的官员裁掉节省开支。
光武帝让大批士兵复员，回家种地，娶妻生子。
跟他鞍前马后的将军们被封为侯回家享福。他们的军权被收回。光武帝没学刘邦