前任命了包括王导、庾亮在内的数位辅政大臣。但是庾太后让哥哥庾亮负责诏书，实际上等于让庾亮拥有拍板权，其他辅政大臣只有参政议政权。王导等人虽然能够“参辅朝政，然事之大要皆决于亮”。王导于是称病不去上朝，避免跟庾亮冲突。
庾亮成名很早，因为面容俊美、为人庄重、谈吐风雅、遵礼守法被人认为是清流名士。但是水至清则无鱼，他这种眼里不揉沙子的性格做官以后令人不易接近。
有一次，他有事想面见晋明帝。当时天色已晚，宫门已上锁。他去负责皇宫安全保卫工作的司马宗那里要钥匙。司马宗不悦，口出不逊：你当皇宫是你家啊，说进就进。庾亮从此对司马宗印象非常坏。
晋明帝病重时不想见人。司马宗就将所有想见晋明帝的人挡了驾。庾亮以为司马宗另有图谋，闯进晋明帝的寝殿哭诉司马宗图谋不轨。好在晋明帝没有相信他的话。
晋成帝即位后，庾亮将司马宗调离皇宫。司马宗对此颇有怨言，并且不满外戚专权。而这时有人告司马宗谋反。庾亮马上把司马宗抓起来杀了。这事牵扯到一大批司马家族的人，或杀或关或贬。当时出现流言认为庾亮要铲除王室。
晋成帝对庾亮清洗朝堂一无所知，有一天问庾亮：那个白头翁怎么见不到了。他是指司马宗。庾亮说因为谋反被处决了。晋成帝哭了，说：舅舅说他谋反就把他杀了。要是别人说你谋反该怎么办呢？庾亮无言以对。
看来这个谋反罪缺少让人信服的证据，只有一个人告发而已，很可能是“莫须有”。庾亮草率行事引起别人疑心和恐惧也是可以理解的。
庾亮杀完司马宗又要杀苏峻。
苏峻在永嘉之乱时把流民组织起来成立保乡团，后来被东晋招安为将军。平王敦之乱时，苏峻也出过力，因功被封为江北军事长官。他手下有精兵万人，实力很强。
苏峻跟司马宗关系很好，并且有些军阀作风，对朝廷也不大顺从。这让庾亮不能容他。庾亮认为苏峻终究是个祸患，想除掉他。
庾亮召苏峻入朝为官，想先解除苏峻的兵权再杀掉他。他任命苏峻为大司农，负责国家财政。苏峻说我是武将，让我领兵打仗没问题，让我去管财政实在是勉为其难了。但是庾亮坚持要调他进京。苏峻对庾亮起了戒备之心，说什么也不肯进京。
庾亮大怒，派人警告苏峻：你抗旨不尊将会招来牢狱之灾。苏峻不在乎，说宁可站在山头看牢狱也不愿站在牢狱看山头。
双方把话说到这个份上就算是摊牌了。
庾亮决定派兵讨伐苏峻。群臣劝他不要这样做，担心逼反苏峻惹祸上身。庾亮不听。他认为苏峻早晚都得反，早反要比晚反好。正所谓当年晁错劝汉景帝削藩时所说，早反祸事小，晚反祸事大。
庾亮的性格和做事风格跟晁错一样，也给东晋引来不亚于七国之乱的祸事。
群臣怎么劝也