明升暗降夺了刘裕的兵权。刘裕的部队现在被桓玄的亲信所控制。刘裕要起兵讨伐桓玄，必须首先设法夺回军队。
他扬言打猎，召集了百十号亲信，假冒朝廷使者进入京口（江苏镇江），混进官府杀了桓玄的亲信，收回了他的两千老兵。
随即刘裕发布檄文起兵勤王，带着两千将士杀向建康。
桓玄先后派去两支军拦截都被刘裕杀败。刘裕亲自挥刀上阵锐不可当。
刘裕率军逼近建康。
桓玄亲率两万军队列开阵势准备厮杀。
面对十倍于己的桓军，刘裕派出疑兵遍插旗帜。桓玄看见漫山遍野是刘家军的旗帜，以为刘裕兵势强盛，心下先怯。他让别人指挥作战，自己备下船只收拾细软准备逃跑。桓玄手下看到桓玄已经准备溜了都没了斗志。
刘裕跟他的两千将士饱餐战饭后砸锅弃粮，以示破釜沉舟。
两军开战后，刘裕率先发起进攻。他命人顺风放火扰乱敌阵，然后趁乱冲锋。刘裕身先士卒冲在最前面。桓军中有很多将士原先是刘牢之的部下，不愿意跟老战友对阵，见刘裕冲过来就躲开了。刘裕没废多大力气便击溃了桓军。
桓玄闻讯立即跳上快艇逃之夭夭。刘裕当天就占领了建康城。
从起兵到拿下建康，刘裕只用了五天时间。
刘裕拿下建康。但是晋安帝被桓玄拐跑了，有国都无国主也不能复国。
刘裕收集了万把军队交给部将向西追击桓玄，争夺晋安帝。
桓玄逃回老家荆州，集结荆州水军反扑建康。桓、刘两军又在长江水面上二次决战。
桓玄的特混舰队兵力是刘军的数倍，舰只的大小和数量是刘军的两倍。刘军不满万人，以寡敌众。
但是桓玄故伎重演，在他的旗舰后面拖了一条快艇准备随时开溜。
桓玄跟他老爹桓温一样，缺少生死对决的勇气。桓温北伐无果，夺位未遂。桓玄比老爹强点，侥幸篡位成功但没能力保住。
将士们见桓玄又做好两手准备，本来就不高的斗志现在更低了。
开战后，刘军首先发起进攻，在气势上压倒对方。他们利用火攻扰乱敌阵，随后大军压上。混战中，桓玄感觉取胜无望，跳上快艇临阵脱逃。荆州水军大败。
桓玄逃了回去。但他手下将士认为他气数已尽，密谋杀了他邀功。桓玄闻风逃走，在出城门的时候被拦截他的士兵砍伤了脸。但他逃出城门却又遭遇益州的军队，结果还是难逃一死。
桓玄的堂弟桓谦把玉玺还给晋安帝，让晋安帝复辟，希望桓、刘两军停战。
刘裕拒绝停战，以皇帝没有宣布大赦，独不赦桓氏一族。桓氏只得顽抗到底。桓谦和桓玄的侄子桓振收拢军队继续抵抗。桓振很能打，屡次击退刘军。
“是岁，晋民避乱，襁