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频临灭亡的南燕向后秦求援。后秦叫人给刘裕带话，告诉刘裕马上撤兵，否则将派十万大军攻打晋军。
刘裕嗤之以鼻：我本想拿下南燕再打后秦，你要等不及了，尽管放马过来受死！
刘裕部下担心激怒后秦腹背受敌。刘裕说放心吧。他要真想打决不会让我们知道。吠狗不咬，咬狗不吠。
果然，后秦正忙于跟叛将赫连勃勃缠斗根本无暇顾及南燕，所谓对晋宣战不过是虚张声势虚言恫吓而已。
赫连勃勃是来自塞外的匈奴人，因为长相俊美被后秦的一个公爵收为女婿。他不愿久居人下，杀了岳父，夺了他的军队，反叛后秦。他自认为匈奴人是夏启的后裔，宣布建立夏国，史称胡夏。他不立都城，不要根据地，游走于后秦北部地区，频频袭击后秦的城镇。姚兴派兵讨伐，被杀得大败而回。从此后秦北方诸城白天都不敢开城门。
向后秦称臣的南凉趁机反叛后秦。
之前被灭国的西秦收拢部众宣布复国。
后秦后院起火根本无暇顾及南燕。不过姚兴碍于情面，派出一万步骑兵，号称十万，进屯洛阳，扬言将增援南燕。随后姚兴亲自率军去打赫连勃勃，结果大败而回。姚兴急调洛阳军队回援长安。
南燕使者张纲从长安返回，半路上被晋军俘获。刘裕让他坐在楼车上向广固城内喊话，声称后秦被赫连勃勃打败，自身难保，无兵来救南燕。南燕将士闻之变色，士气大跌。出城投降东晋的络绎不绝。
张纲心灵手巧，为晋军设计了很多实用的攻城装备。
次年，晋军对广固发动总攻，终于将广固拿下。慕容超战败被俘。南燕从此灭亡。
灭了南燕，东晋的版图恢复到山东、河南。
刘裕准备乘胜讨伐后秦。这时国内传来消息，广州的卢循趁晋军北伐后防空虚北犯建康。
卢循当年南逃，趁广州兵力薄弱攻下了番禹，杀了百姓数万人。朝廷忙于内乱无暇顾及偏远的广州，只能设法诏安，任命卢循为广州刺史。卢循接受招安也只想获得一个喘息的机会。
刘裕北伐期间，卢循建造了大量适合内河航行的舰船，计划北上长江中上游，然后顺江而下进攻建康。
当年孙恩率军从海上进长江逆流而上进攻建康，因为舰队航行缓慢失去战机。卢循汲取教训，改从上游发起突袭，让刘裕来不及回援。
公元410年，卢循兵分两路，沿湘江和赣江北上。西路军打到长沙。东路军一口气打到豫章（江西南昌）。
朝廷震动，一度打算放弃建康保着皇帝北上投奔刘裕。
所幸刘裕这时已经结束了南燕之战，正在休整部队，准备西征。刘裕得知卢循南犯，立即回军救援。他担心都城有失，轻骑回京安稳人心。建康军民见到刘裕，得知晋军正在南返的路上，很快安定下来。