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侯安都打败留异，士气正旺，打算乘胜南下灭了陈宝应。陈蒨却命令侯安都立即回京述职。侯安都回京后，陈蒨假借庆功酒在宴会上逮捕了侯安都，然后把他杀了。
大战未发先斩了自己一员大将。不过陈蒨认为这样做是值得的，一则消除隐患坐稳皇位，二则杀人立威让人不敢轻视自己。
陈蒨重新调兵遣将讨伐陈宝应。
564年，陈军从江海两路夹击闽州，一战打垮陈宝应。陈宝应和留异被陈军抓获杀掉。周迪战败后藏匿深山，最终难逃一死。陈蒨打败陈宝应收复了福建，随后又扫平了周边各路小军阀。陈蒨最终统一了江南。
南陈从建康一地白手起家，经过陈霸先、陈蒨两代十年的努力终于统一江南。不过南陈仅仅占有长江以南地区，是南朝宋齐梁陈四国中版图最小的。
陈蒨在平定江南之后病了。他觉得自己可能不久于人世，开始考虑继承人问题。
他的太子年纪还小，才十几岁。他从守住江山社稷的角度考虑认为应该立个成年的国君。乱世宜立长君。他暗示想让弟弟陈顼继位。但这个想法遭到亲信大臣的反对。他们执意要让太子陈伯宗继位。陈蒨只得作罢。
陈蒨死后，陈伯宗灵前继位。
陈蒨死时45岁。陈伯宗14岁。陈蒨30多岁才有了第一个孩子，这在那个年代很不常见。
有一个关于陈蒨八卦传说，说陈蒨有一个男皇后。
男皇后是指他的宠臣韩子高。史载韩子高“容貌美丽，状似妇人”，“文帝（陈蒨）甚宠爱之，未尝离于左右”。
传说陈蒨曾戏言如果有朝一日做了皇帝会封韩子高为皇后，只可惜他是男的。韩子高则言古有女皇帝，今为什么不能有男皇后。于是有人称韩子高是陈蒨的男皇后。
如果韩子高真是陈蒨的娈童，也就是说陈蒨好男色，倒容易理解他为什么一直没有孩子。
还有一个八卦传说跟陈蒨有关，就是女驸马。
女驸马是说民女冯素贞女扮男装进京赶考，本想挣个一官半职回家救情郎，结果考中状元并被招为驸马。
女驸马的传说极大可能只是个传说。科举在隋朝才开始出现，冯素贞不可能考状元。虽说南梁就已经出现科考的雏形，但那不代表南陈就有了科考。再说南陈从建国开始就一直在打仗，哪有闲心举办科考？
女驸马的传说有可能脱胎于男皇后。
因为陈伯宗尚未成年，陈蒨遗命陈顼、到仲举、刘师知临朝辅政。但陈蒨刚一闭眼，朝廷就发生夺权内乱。
刘师知、到仲举等人作为陈蒨亲信，一直在朝中参与决定各项政务。陈顼则一直在外面领兵打仗。陈顼被任命为辅政大臣后入住尚书省。刘师知等尚书省老人比较排斥他，不愿跟他共事。刘师知假借太后的意思让陈顼回到自己的辖区去。陈顼问过太后