后实力大增，掉头南下进攻杨行密。他派大将庞师古率兵七万作为主力进攻淮南，另派大将葛从周率军一万军队策应庞师古。
庞师古杀到淮河后驻扎在清口，让葛从周先期渡河寻敌作战。
杨行密率兵三万军队迎战朱军。他放过葛从周直接去找庞师古决战。
他到达前线后发现庞师古的营盘设在低洼地，马上安排人在淮河上游筑坝准备水攻。
朱军士兵发现淮河水位出现异常变化，急报庞师古防备水攻。庞师古认为这个士兵故意动摇军心，叫人砍了人家脑袋。
上游水位被提高后，杨行密掘开堤坝发动水攻。河水狂泻而下，一下子涌入庞师古的营盘。朱军的士卒们四散奔逃。杨行密率军渡河追杀，斩杀上万人。庞师古也被人家砍了脑袋。
葛从周的那一万军队也随后被全歼。葛从周单骑逃脱。
败退的朱军四天不得吃不得喝，又赶上天降大雪，饥寒交迫，疲于奔命，饿死冻死累死在途中的不计其数，只有一千人活着回来。
清口一战以朱温惨败而告终。
朱温总结教训，认为水战是自己的短板。他打算联合江浙周边的藩镇围攻杨行密。考虑到自己的号召力不足以将各藩镇集拢在自己旗下，他请求唐昭宗出面组织讨伐杨行密。
唐昭宗拒绝，下诏希望各路诸侯停止混战。
朱温知道这是韩建从中作梗，派人修复洛阳皇宫，准备把唐昭宗接到洛阳。
洛阳在他的控制之下，把唐昭宗接到洛阳也就是把唐昭宗控制在自己手上。
李茂贞、韩建判断朱温打算入关争夺皇上，大为恐惧。他们赶紧将唐昭宗送回长安，让朱温失去争夺皇上的借口。
朱温只得暂时放下争夺皇上的念头，也放下讨伐杨行密的念头。