太祖顺势清洗胡惟庸一派。
蓝玉是明朝开国元勋，南征北战，功勋卓著。在第一梯队老将军退下去之后，作为第二梯队的领军人物，蓝玉被封为大将军。如果说胡惟庸是政府一把手的话，蓝玉就是军内一把手。
蓝玉仗着自己功高位显，“骄蹇自恣”，“进止自专”，不仅举止傲慢，在明太祖面前都不知收敛，并且独断专权，任免将领都不通报明太祖。明太祖很不高兴，说过他几次，他也不改。
明太祖封他为太子太傅。但他嫌官封得小，背地里发牢骚：以我的战功，不配封个太师吗。这话传到朱元璋的耳朵里。朱元璋认为有野心有怨言就是谋反的前兆，于是以谋反罪将蓝玉下狱。
史书说锦衣卫指挥（实际上就是特务头子）告发蓝玉谋反。蓝玉于是被捕下狱。在审讯中，蓝玉供认不讳，交代出一个反党集团。于是一万五千人人头落地。
蓝玉案跟胡惟庸案差不多。其实也是朱元璋猜忌功臣的结果。胡惟庸是手握政权的宰相。蓝玉是手握军权的名将。所谓谋杀案只是个由头，以莫须有的罪名杀掉朝中的当权派，把权力收归自己手下。这跟刘邦杀韩信、彭越的意思一样。
在蓝玉案后，傅友德、冯胜等功勋将军也被明太祖找了个由头杀掉。军中再无名将和实权派。
他杀掉胡惟庸后不再设宰相，将延续1700多年的丞相制度废除。明太祖身兼总统和总理两职，直接管理三省六部各衙门，将所有拍板大权集于一身。党政军财一把抓。
要说朱元璋也够劳模的，日理万机，废寝忘食。前朝历代皇帝没几个能赶上他的。据说他每天批阅的奏章，字数赶得上一本《毛选》。
他随时随地想起一件事，马上写个条子挂在身上，等这件事处理完了才摘下来，搞得自己象个鸡毛掸子。他没歇过节假日，甚至没有八小时以外的生活，一心扑在工作上。这也没法子，把权力收回来了当然把工作量也收回来了。
好在朱元璋够勤奋。但是如果他的后代受不了这么高强度的工作想偷懒了，会发生什么情况呢？此事暂且不提，请待以后分解。
朱元璋杀掉了危险分子，对剩余的官吏也不放心。
朱元璋把禁卫军中的锦衣卫发展成特务组织，严密监视朝臣百姓的一举一动、一言一行。
锦衣卫本是皇帝直属的十二支禁卫军之一。十二支禁军又叫十二卫，后来陆续增加到二十六卫，分别负责随行护驾、看守皇陵、掌旗、巡逻等任务。锦衣卫的任务是贴身保护皇帝，有国事活动的时候还充当仪仗队。因为锦衣卫最接近皇帝，所以也最受皇帝的信任。
朱元璋为了从重从快处理“反党”或腐败分子，把监视、抓捕、审讯、处斩官员的权利交给了锦衣卫。锦衣卫因此演变为明朝的克格勃、fbi。
锦衣卫的特务业务水平绝不亚于前苏联的克格勃，几乎到了无孔不入的地步。