跟着朱贵开店探报，其中李四被林冲特别安排回东京开酒店；石秀时迁也是跟着朱贵，做探报通信；扈成杜兴跟着蒋敬管钱粮；李应带宋万孙新管后勤；扈三娘和顾大嫂管女军，主要是护卫和协助安道全的医疗营；孟康造船出身，正是林冲急需的专业人才，就被安排干老本行；乐和被林冲安排负责军宣，林冲的一些后世军宣手段就得通过乐和来试行了；裴宣则管军法和功劳簿；孙立解珍解宝邹渊邹润，还有栾廷玉杨雄邓飞施恩李云，皆去带兵。
水浒原著中，孙立连三十六天罡都没进，是严重不公平的，无论从武功上还是功劳上，孙立都是名列前茅的。孙立被宋江打压，根子上和林冲有关。林冲虽然
不热衷交际，但却是后晁盖派系头脑，与三阮、吴用、公孙胜等交好；还和柴进、杨志、徐宁、卢俊义、曹正等有各种关系；三山系首领鲁智深是林冲的铁杆兄长；孙立的登州系人多势众，且与林冲有师门关系，若孙立再挺林冲，梁山头领中，林冲至少有三四十人的势力。晁盖死后，对宋江首领位置威胁最大的，就是林冲。只是林冲生性淡泊，不是做带头大哥的性格，才会先拥晁盖后捧宋江，一直在为人作嫁。故而水浒原著中，宋江有意将孙立压在地煞，反将孙立的两个小弟解珍解宝搁入天罡，存心要恶心孙立，离间登州系，最终是要削弱林冲。对三山系首领鲁智深，宋江用的也是这招，将鲁智深打压至天罡第十三位，再将武松提到第十四位，以此分化三山系。
林冲又定下借鉴后世的军礼，废除了军中跪拜礼节；剽窃了几首后世军歌，叫乐和组织了个军宣队，在军中推广；成立了武松刘唐为首的特战营，杜迁为首的执法营，曹正为首的警卫营；梁山早先就已经成立了安道全为首的医疗营，还有汤隆孟康黄群李小二为首的工匠营。
新的梁山军制以四四制为主，标配的话，一组4人，一班四组16人，一排四班67人，一连四排300人，一团四连1500人，一师四团8000人，一军四师40000人。当然眼下梁山还用不上军师单位，只是成立了四个团的步军正兵，以青龙白虎朱雀玄武为名，分别由鲁智深、晁盖、王进、和林冲自己为团长。梁山水军则有三个营，分别由阮氏三雄带领，营下面就是各条战船，总共有一千多水军。扈三娘和顾大嫂则带女兵营护卫安道全的医疗营为主。另外还有些数千辅兵民兵等。
梁山的军兵来源，主要是周边各县各山头的土匪，有主动来投的，有梁山派军去吞并的。林冲也知土匪素质差，费劲训练教育还是有些受不了逃离梁山的。有的山寨烧杀劫掠恶贯满盈，林冲也不要他们，能灭就直接灭了，只是收容些恶状不显的年轻匪丁。江湖上因此对梁山林冲也有不少骂的。
林冲也知直接从百姓中招兵从零开始训练更好，但梁山直接控制区内，拢共也就四五万民众；梁山影响区，民众大约二十余万，打破祝家庄后，也就小三十万。兵源有限，加上梁山毕竟还是匪的名声，要扩军还是得靠吞并其他强人为主。