然沤气吐血，病至沉重不起，只管催王含等进兵，欲拿温峤、庾亮解恨，却不知尽乃兄弟王导所为。王导辞帝至家，率子弟为王敦挂孝举哀，对外称说王敦已死。不出十日，天下皆闻此信，震惊朝野，江州将士离心。而朝廷勤王将士无不振奋，各自打点出兵，击破反贼王含、钱凤、沈充，为朝廷建功，兼图富贵。于是天子令尚书省发诏，誊写数份送至王敦大营。辕门军得诏，遂送至中营，王敦就病榻上展其诏曰：“贼臣王敦辄立兄子以自承代，不由王命；顽凶相奖，窥视神器。天不藏奸，敦受天遣，今已陨毙。凤承凶顽，弥复煽逆。今遣司徒王导等以顺讨逆，廓靖乾坤。诸将为王敦所授用者，一无所问；将士从贼弥年，违离家室，朕甚愍之，其单丁者遣归奉亲，终身不调。余皆与假三年，休讫还台，当与宿卫同例三番。钦此以闻！”
王敦读诏，怒不可遏，欲从榻起，坐而复卧，力不能支。万般无奈，乃召兄王含及钱凤入内嘱道：“我今病笃，难以御众。你等可与邓岳、周抚率众五万，先向京师；待孤疾病稍痊，自率大军随应于后。”钱凤问道：“若是大事成就，夺了建康，则天子如何处置？”王敦怒道：“彼尚未南效祭祀，何谓天子！便尽卿之兵势，无非当作擒获东海王、裴妃而已。”钱凤已明其意，于是奉命而出，与王含各带兵而出。七月，王含引水陆大军五万，掩杀至江宁南岸，京师震惊，人情汹涌。温峤引兵抵敌，因见贼兵势大，遂令放火烧断朱雀桥，以挫敌锋。明帝此时欲尽发宫中禁军迎击王含，闻报温峤烧了朱雀桥，于是大怒，遣人问责。温峤遂上表分解道：“今京师宿卫寡弱，勤王征兵未至。若贼兵冲突而至，危及社稷，且恐宗庙亦自不保，陛下何独爱一桥？”明帝览奏息怒，复诏命温峤等引兵拒于桥岸。
司徒王导闻其兄王含引军来围京师，于是修私书遣人送至大营，谓王含道：“闻大将军王敦今已不讳亡故，长兄此举，谓可如昔年之事乎？昔年佞臣乱朝，人怀不忿；如弟王导之徒，心思外济。今则不然，大将军王敦屯于芜湖，渐失人心。临终之日，危重安期。诸有耳者皆知其将为禅代，非人臣之事也。先帝中兴，遗爱在民；圣主聪明，德洽朝野。兄乃欲妄萌异节，凡在人臣，谁不愤叹！王导门户小大，受国厚恩，今日之事，明目张胆，为六军之首，宁为忠臣而死，不为无赖而生矣。书不尽言，望兄幡然悔悟，复始来归。”王含见此书，怒而不复，令将来使驱出大营，继续引兵攻打江宁。明帝闻说形势危急，遂集众臣商议御敌之策。诸将奏请趁敌军尚未列成阵势，请天子亲自引禁军出战，郗鉴急出班谏阻道：“群逆纵逸，势不可当。可以谋屈，难以力竞。今王含等号令不一，诸将亦皆怀狐疑，抄盗相寻。我等只宜紧守城池，待旷延持久，必启天下义士之心，勤王之兵四方趋至。今若依诸将之议，徒逞一时忠勇之忿，置陛下于万军之中，欲决胜负于一朝一日，岂非危乎殆哉！万一致于蹉跌，虽有申包胥复出，又何处哭于秦廷请兵，何补既往之过耶！”诸将听了，俱各无言。明帝即从郗鉴之谏，率诸军出屯南皇堂，