苏峻攻陷建康至宫阙毁坏，于是引起迁都争议，温峤请求迁都豫章，三吴豪族则请迁会稽。最终由王导转而重建建康秩序。庾亮因致叛乱引咎自愿出镇，王、庾两大士族矛盾增加，庾亮后更曾打算起兵废王导，只因郗鉴反对而免动乱。
——第三十五回题引
成帝一班君臣即登太极殿，苏峻舟顷引兵而入，高声叱令褚飒等下殿。衬飒不为所动，亦大声喝叱道：“天子在此，苏冠军宜前来觐见陛下，军人岂敢持兵上殿侵逼至尊！”于是诸兵果然为其震慑，不敢上殿，乃转入后宫，驱役百官，掠夺宫人，裸剥士女身上华衣。宫中时有布帛二十万匹，金银五千余斤，钱亿万之巨，绸绢数万匹，皆为苏峻军士掠夺净尽。苏峻自引甲士数百，登于太极殿上，王导喝道：“圣上在此，谁敢无礼！”苏峻只得跪倒参拜，与军士高呼“万岁”。成帝见其如此，惊魂稍定，问道：“卿不候宣诏，因何带兵入京？”苏竣奏道：“中书令庾亮为政不公，赏罚不明，苦虐百姓，又欲杀微臣。臣今无奈起兵，亦为社稷，岂敢叛乱朝廷！”成帝道：“今庾亮外逃，不在朝中，卿何不退兵？”苏峻奏道：“臣今入朝，实欲辅政于陛下，未曾封爵，故不敢退兵。”成帝道：“既是如此，卿欲何授？”苏竣奏道：“司徒王导德望于万民，宜先复其本职。祖约廉能，可为侍中、太尉、尚书令；许柳为丹杨尹，马雄为左卫将军，祖涣为骁骑将军。臣愿为骠骑将军，录尚书事。其余百官可守旧职，独庾亮兄弟不许复任。”成帝一一准其所请，苏峻方令甲士退去。
自此苏峻、祖约把持朝政，驱役百官担泥负土登筑蒋山，又裸剥士女，令其被逼以草席或泥土蔽体，哀号之声遍于宫庭内外。时有弋阳王司马羕因前年被庾亮免职降爵，此时见朝中风云突变，于是前来向苏峻称述功德，苏峻便令其官复太宰原职。因吴郡时为庾氏家族把持，苏峻复又派兵攻吴。吴国内史庾冰战败，逃亡会稽，苏峻于是派侍中蔡谟任吴国内史。是年三月，皇太后庾氏因庾亮屡违众意，乾纲独断逼反苏峻在先；复为主帅兵败身窜，恐祸及家族，终至忧虑而崩。百官遂奉成帝举哀葬之，谥号为穆皇后。苏峻知天下必将太后之死归罪于己，恐诸镇起兵来伐，于是自率军退驻芜湖，并深虑必有后变，日夜不安。
再说庾亮率三弟及数百随从来到浔阳，投奔温峤，二人因元帝时同为东宫侍讲，故皆与明帝司马邵称为布衣之交，情属莫逆。庾亮见了温峤，先诉苏峻大罪，又矫宣太后之诏，命温峤为骠骑将军、开府仪同三司，复加郗鉴为司空，共同发兵讨贼靖难。温峤以苏峻未平而不受职，打算起兵讨伐苏峻，且分兵给庾亮率领。夏四月欲举兵，恨无建康军情消息。逢范汪自建康至，言及苏峻虽掌朝纲，但政令不一，贪暴纵逆，官民皆恨，宜及时进讨。庾亮大喜，即命范汪为参护军事，随军起行。因与温峤互推为盟主，各自推辞，温峤从弟温充遂道：“你二公既相推辞，则无人能敌苏峻。某闻征西大将军陶侃位重兵强，又极善用兵，心怀忠义，可共推之，则大事可济。”二