政事，即使有子也不敢抚养，恐被诬为复辟张本也。朝廷知其安于屈辱，亦不再防备，司马奕便由此得以苟安善终。
是年七月，简文帝病重，急召桓温回朝，在一昼夜内连发四道诏书。桓温见诏旨不明，乃推辞不肯入朝。简文帝无奈，只得传下遗诏，令桓温摄政，效仿周公之事。侍中谢安、王坦之入宫视疾，见此遗诏大惊，王坦之伸手从黄门手中扯过，三两把扯作粉碎，说道：“陛下，此事绝不可行。桓温本就怀有异志，朝野尽知。若命其摄政，则必行董卓、曹丕之事，晋祚必移于别姓矣！”简文帝惊讶道：“某此帝位，本就是无意得来，得之未喜，失之又何惜之。朕且释然，卿等何必固执不舍如此？”王坦之道：“不然。天下乃宣帝、元帝所创之天下，陛下何得专之，轻与他人？”简文帝闻言惭愧，说道：“寡人不敏，险铸大错，即从卿意改之可也。”王坦之遂重书诏令，将遗诏中“摄政”改为“辅政”，“依周公故事”改为“依照诸葛亮、王导旧例”。简文帝熟视再四，遂令奉玺郎用宝，付予王、谢二人。不数日，简文帝驾崩，遗命太子司马曜继位。百官举哀发丧，殡葬于高平陵，庙号太宗，谥号简文皇帝，亡年五十三岁，在位不足一年。司马昱字道万，乃晋元帝司马睿幼子也。历经元、明、成、康、穆、哀、废帝七朝，先后封琅玡王、会稽王，累官抚军将军。晋穆帝时，升任抚军大将军、录尚书六条事，与何充共同辅政。何充逝世后，司马昱总统朝政，引名士殷浩等辅政，企图对抗桓温，殷浩反为桓温所废。晋废帝即位后，再次徙封琅玡王，又进位丞相、录尚书事。太和六年桓温废司马奕，改立司马昱为帝，也只是垂拱称制，率众清谈而已。
司马昱名为皇帝，却时刻怕被桓温废黜，可谓度日如年，并无帝王之尊。当时见荧惑入太微垣，因司马奕被废时亦有同样天象，故此十分不安，甚至问郗超桓温会否再行废立之事。郗超断言用全家担保，并请回看望父亲郗愔，司马昱谓曰：“回去告诉尊父，宗族国家之事竟至此种地步，皆由朕不能以德匡正，惭愧慨叹之深，言何以喻！”于是咏庾阐之诗送之：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”潸然泪下，打湿衣襟，因而忧愤得病。大司马顾悦之与简文帝同年，而头发先白，文帝遂问：“卿与朕同庚，而须发何如先白？”顾悦之答道：“松柏之姿，经霜犹茂；蒲柳之质，望秋先零。”文帝甚嘉其对，因而并相唏嘘无言。
晋文帝既已驾崩葬毕，群臣犹自疑惑，因未得桓温意思，不敢拥立新君。侍中谢安聚集百官于朝道：“今孝文先皇崩世，国不可一日无君，宜立太子早日登基嗣位。不知诸公以为如何？”群臣异口同声答道：“此朝廷大事，须待大司马到来处置，我等不敢定议。”廷尉王彪之听了，正色叫道：“是何言耶！自古以来父死子继，兄终弟及。今天子已崩，太子代立，是天理也，大司马有何异议！若先向其咨询，必反为所责矣。”谢安说道：“王叔武之言是也，诸公勿扰。”于是群臣再无异论，乃请太子司马曜登皇帝大位，群臣山呼万岁。登基礼毕，改元