，桓玄出都城建康，还镇姑孰，辞去录尚书事官职，安帝诏准，但凡是大政方针，皆令请示桓玄，余事由尚书令桓谦及卞范之决定。
自隆安以来，东晋百姓对天灾人祸、动乱战争深感厌倦。桓玄刚到京师，罢黜奸佞、选拔贤俊，百姓悦之。但不久桓玄便骄奢横暴，放纵享乐，政令变化无常，朋雄奸党纷出，甚至对朝廷大加凌侮，并将御用车马轿乘、供奉食用随意裁减，连安帝也几乎不免冻饿。其时又逢三吴大饥，住户人口减少一半，会稽郡十余六七，临海、永嘉两地人口则几乎全部死亡。即使是富贵人家，也都穿着绫罗绸缎，怀抱金玉，关门闭户，相互之间看着饿死。吴中民不聊生，于是饥民四起，皆逃往海岛，投奔卢循。且说卢循者，乃魏晋名士卢谌曾孙，孙恩妹夫也。神态风采清秀雅静，多才多艺。自孙恩跳海自杀，其余部数千人复举卢循为首，隐居海岛不出。卢循幼时，僧人惠远曾对其说道：“子虽素雅儒风，但藏不法之志，未知是否？”卢循笑而不答。太尉桓玄见饥民皆趋附卢循，欲以安抚，使东部局势稳定，遂命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受任命上岸为官，但依然为非作歹，行劫施暴，时刻准备作乱谋反。桓玄使部下暗示朝廷，封己为豫章公、桂阳公，并保持原南郡公，享三公之爵。朝廷无奈从之，桓玄即将豫章公封给儿子桓升，桂阳公封给侄儿桓俊。朝中闻之，无不大哗。
桓玄既平刘牢之，寻隙将吴兴太守高素、将军竺谦之及从兄竺朗之、刘袭及弟刘季武杀之，因其皆为刘牢之所统北府旧部也。刘袭兄长冀州刺史刘轨联合司马休之、刘敬宣、高雅之等人占据山阳，进攻桓玄不成，因而退走。将军袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人也都赶至，与其一起逃亡。先欲投奔北魏，到陈留以南分为两路：刘轨、司马休之、刘敬宣等人投奔南燕，袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人投奔后秦。袁虔之等人到达长安，后秦王姚兴亲自接见，问道：“桓玄才略与其父桓温相比如何？”袁虔之答道：“桓玄乘晋室衰微动乱之机，窃据宰相高位操纵大局，为人多疑猜忌，刻薄残忍，刑罚赏赐又极不公平；据臣观察，才能远不如其父，便野心犹有过之。桓玄今掌朝中大权，必要篡权夺位，正可为他人起而除之以供口实也。”姚兴以为言之有理，遂命袁虔之为广州刺史，余者各以其才任用。
且说桓玄在三月攻入建康时即废除元兴年号，恢复隆安，不久又改元大亨。自置为太尉，又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名，分派桓氏宗族亲信出任内外职位。又下诏全国避其父桓温名讳，同名者皆要改之，又赠其生母马氏为豫章郡太夫人。大亨元年，桓玄迁大将军，又奏请率军北伐后秦，但因自知不敌，随后复暗示朝廷下诏阻止。其玩弄权术哄骗世人，却使人一看便知，浅薄之至。当年桓伟去世，桓玄脱下丧服作乐，而桓伟乃是桓玄亲仗之人也。桓伟死后，桓玄孤危，亲信殷仲文及卞范之劝桓玄早日篡位。桓玄遂晋升桓谦、王谧、桓修等人，自命为相国，更划南郡、南平、天门、零陵、