仆射，乙斗为征北将军、尚书右仆射，其余文武依次授任官职。同年，刘勃勃讨伐鲜卑薛干等三部，降其众一万数千，复伐后秦三城以北各处边防驻军，杀杨丕、姚石生。诸将劝谏说应坚守，宜先巩固根本，使人心有所依托，方成大业。刘勃勃不听道：“卿等只知其一，不知其二。我大业草创，军队不多；姚兴乃当世雄杰，关中不能图也。今各方镇皆从秦帝命令，我若固守一城，其必合力来攻，我非其对手，很快即亡。我若急出如风，出其不意，其援前我击其后，援后则击其前，使其疲于奔命，我则从容自若。不出十年，岭北、河东悉归我有；姚兴死后，我再逐步攻取长安。姚兴子姚泓庸弱小儿，擒其之计已在我算中。昔轩辕氏也曾二十余年迁居无常，岂独我耶！”于是侵掠岭北诸部，致其城门不敢昼开。姚兴闻报大惊，不由感叹道：“我不纳姚邕之谏，以致到此地步！”正如刘勃勃所说，秦太子姚泓为人孝友谦厚，喜文学擅歌咏，但性格懦弱，身体多病，姚兴因此迟疑不决，拖时甚久，方终立为太子。
晋元兴元年，桓玄既入京师，称诏解严，自为丞相，总百揆，都督中外诸军、录尚书事、扬州牧。后让丞相而为太尉，以弟桓伟为荆州刺史，桓修为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹，王谥为中书令。又以刘牢之为会稽内史，明升暗降，夺其兵权。刘牢之闻其任命而大惊道：“起始便夺我兵，其祸至矣。”乃不奉命。桓玄闻报不悦，刘敬宣便请回京口，劝告父亲刘牢之领命就任，桓玄从之。刘敬宣回至京口，却劝说父亲刘牢之袭击桓玄，争取主动。刘牢之犹豫，率部移到班渎驻扎，私寄书问旧部刘裕道：“今我北上广陵与高雅之会合，一同起兵匡扶社稷，公其能从我否？”刘裕回书道：“向日将军拥数万精卒，对桓玄望风降服，故使其实现志向，声威震动天下。今士民已附桓玄，公欲达广陵可乎？某欲卸甲裒服，回京口为民矣。”遣信使出府之后，乃退谓部将何无忌道：“我观镇北将军此番必然难逃一死，你可随我回京口去。桓玄若守臣节，你我当从之；不然，当与卿图之可也。”何无忌信以为然。刘牢之见刘裕不从己召，于是大集将领僚属，商议据守长江以北以讨桓玄。参军刘袭说道：“可之而不可为者，最大莫过于谋反。将军前反王恭，近反司马元显，今复欲反桓玄，连续三反，将何以自立！”话毕回身便走，快步出帐，其他将佐也多一哄而散。刘牢之恐惧异常，派子刘敬宣去京口迎接家属，已过约定日期，家属不至。
刘牢之以为谋反事情已泄，儿子及家眷必被桓玄所杀，故此不敢滞留京口，率领余部向北逃跑。到达新洲，见部众皆散，随者无几，刘牢之遂自缢而死。刘敬宣引家眷而来，赶到新洲见父亲已死，痛哭一场，便渡过长江，投奔广陵去了。刘牢之部下将其装敛，棺木运回丹徒。桓玄下令劈棺斩首，并将尸体扔到街上示众。司马休之、刘敬宣、高雅之皆逃奔到洛阳，各献子弟到后秦以做人质，请求借兵复仇。秦王姚兴交予兵符印信，令其到关中自行招募兵丁，招到数千精卒，驻于彭城。夏四月