于是壮气愈加，个个挺刃力战，挽弓发矢，由是叛军终至大乱。徐道覆见有伏兵横冲而至，兼且天色已晚，不知对方有多少军马，因此不敢恋战，遂命水军弃舟登岸，随岸上步骑且战且退，寻路归还。刘道规将手中大刀高举，令前锋大将檀道济亦登陆路，驱兵连夜追杀。刘遵率游击军两面夹击，叛军大溃，又兼地理不熟，被斩首一万余级，堕江溺毙者复数以千计。这一场好杀！一直战至天光大亮，徐道覆在诸将卫护下复又下水，乘小船逃回湓口。于路收拾残军万余，再到浔阳会合卢循之众，这才军威稍振。江陵城危而复安，刘道规收军回城，大备牛酒，犒赏三军。
却说徐道覆与卢循合兵，复议攻取建康。刘裕闻贼复来，引军出离京城，进次大雷迎敌。前军来报，说卢循及徐道覆大军舳舻衔接，蔽江而下，几不知有多少贼船，其势甚众。刘裕遂令大船相接为城，扎好水寨，自引轻舸尽出，并力拒贼，又拨步骑往屯西岸，预备火具，嘱令贼至乃发；自在舟中亲提幡鼓，督众奋斗。此时东风大起，晋军虽是逆流而上，但顺风鼓噪而进，甚不吃力。卢循与徐道覆正引水军顺流逆风而进，闻晋军主动出击，于是大惧，急令水军都督从方江而下，占领西岸。水军领命，将战船皆泊于西岸，摆好挨烧架式以待。刚刚泊营已毕，忽见下游有晋军千余艘小船顺风而至，瞬间已近水寨。门军报入中营，卢循急遣将出战，但楼船行动不便，尚未驶出营门，对面小船蚁附而至，望着叛军水寨发射火箭。晋军顺风施射，正如火鸦入林，叛军前营登时烧着，楼船被大火封住，便不得出。这时只听晋军船上一棒锣响，军士便皆弃了弓箭，点燃小船，纷纷赴水，顺流归于后队大船。那千艘小船便似千余火炉，直撞进叛军水寨，登时烟焰涨天，一派通红，漫江火发。
此时刘裕率大船已到，命前驱执着强弓硬箭，逼住敌军营寨乘风射贼，风逐浪摇，把贼船更逼往西岸靠拢。西岸之上晋军正在畜势已待，见敌船尽皆靠岸，于是便将火具抛入贼船，后营诸船亦变成一片火海。船中不及扑救，多被延烧，烈焰齐红，满江俱赤，叛军被烧得焦头烂额走投无路，只得争相赴水，未被烧死者复又淹没于滚滚长江水中。卢循及徐道覆诸将至此纷纷骇乱，勉强争夺小舟上岸，四散狂奔走还浔阳。刘裕不舍，率得胜之兵随后紧追，卢循及徐道覆立脚不住，复走至豫章，令军士竖立木栅，在左里相拒。刘裕与部将景申随后赶至，复与贼军交锋对阵。正战之间，忽中军号幡麾杆被大风吹折，号幡落于江中。众将皆以为不详，请令回兵。刘裕冷笑道：“此乃龙王请持我幡，以召水族神军前来助战也。今番必胜，诸将休疑，火速与战！”诸军闻言大振，于是破栅而入，叛军崩溃，四散而逃。
卢循不由心胆俱裂，引心腹部将撑单舸鼠窜而逃，顺流出海，逃往番禺老巢。刘裕见卢循顺流而去，追之不及，于是传令诸将穷寇勿追，令众兵大叫：“卢军肯降者免死，不顺者尽诛！”贼兵见主将已走，复听此言，于是皆弃兵卸甲，各撑船来降。刘裕即令鸣金收兵，旋师兵屯豫章，