刘毅叹道：“为法自弊，居然如此！”遂在庙外自缢而死。次日寺僧归还刘毅尸体至晋军大营，王镇恶便令斩首，其子侄也被擒获，皆令诛杀。当此一战，王镇恶身先士卒，驰战攻门，身中五箭，手中所执大槊亦被射中，在手中折断。直到江陵平定后二十日，刘裕方率大军到达。王镇恶引众将迎刘裕入城，献上刘毅及其子侄首级。刘裕搜检刘毅部将，命诛杀郗僧施，赦毛修之等胁从；又晓谕诸军安抚城中百姓，令收刘毅之尸，归葬郊外。刘裕亲往其墓吊祭，再拜痛哭，哀恸愈恒。诸将皆劝，刘裕顾谓众人道：“我回思昔日与刘毅共起义军，诛桓玄复晋室，同讨南燕逆王慕容超，共破卢循之叛，其功不下于孤。谁料其今日不听诸友之劝，非欲谋反，谁能救之！今思世事无常，人生恒变，故此恸心流涕，而不能止也。”
诸将闻之，俱各潸然泪下，回思与刘毅并肩作战之时，犹如昨日情景，今死且永留叛贼之名，能不痛心哉。事后皆谓，刘毅是欲与刘裕相较，谋反并非本意，是死于不甘于刘裕之下、自己心胸狭窄之故耳。刘裕由是还军，王镇恶因此战之功，被封为汉寿县五等子爵，食邑五百户。刘毅既亡，诸葛长民弟辅国将军诸葛黎民劝说其兄道：“今观刘毅之死，亦我诸葛氏将来下场。兄掌京畿，应趁刘裕未归，抢先动手。”诸葛长民当时犹豫不决，过后叹道：“人贫思贵，富贵之后则必危。今某欲为丹徒黎庶，不可得也！”于是给冀州刺史刘敬宣写信道：“刘毅狠毒暴戾，专横任性，自寻灭亡。今叛者皆灭，则可享天下太平也；若有富贵，愿与明公共享。”刘敬宣知其心怀异志，于是回书道：“某自义熙初年以来，忝任三州刺史，七郡太守，常恐福去祸降，故思避其太盈，宁可吃亏受损。公所谓富贵之意，恕某实在不敢承当。”且将诸葛长民来书送给刘裕。刘裕见书说道：“刘敬宣仍不辜负我也。”
刘裕既平刘毅之乱，并杀郗僧施，随后又逐步消灭刘毅残余势力，遂吞并豫、江二州。鉴于江、荆二州凋敝残破，法令残缺不全，百姓疲惫匮乏，为赋税劳役所困，难以为生，于是下令减免税役，并推广全国，同时对未作军用各州郡县屯田、池塘、边塞之税，一律免除。对于因战争被征发奴隶，也一律放还。其时因西蜀谯纵占据益州，不服朝廷王化，且前番有投降后秦、收纳叛臣桓谦、勾结叛贼卢循、大败刘敬宣王师之举，刘裕即平江陵之后，便欲发兵讨之，于是问计于群僚，谁可领兵西进。王镇恶进言道：“末将推举一人为将，可以讨平西贼。”刘裕便问是谁，王镇恶答道：“有沛县人朱龄石字伯儿，少好武，曾与明公一同举义，共讨桓玄，攻克京师，现为西伯太守。此人武干谋略，若使为将，必能克蜀，并擒谯纵以归。”话犹未了，部将檀道济急出言道：“朱龄石英名不著，亦无战功，必非谯纵敌手，益州定不能克，若至败师辱国，悔之不及。明公可别遣他将领兵前去，勿谓儿戏也。”诸将闻之，亦皆附其议。刘裕力排众议道：“昔有东吴陆逊，今有我朝谢玄，皆未尝经历战阵，而能破敌百万之众。况朱龄石常随我领兵，孤素知