兵力提高了警戒，但没有充分证据表明苏联准备发动全面战争。
此时，米国在土耳其部署了15枚“木星”导弹已经处于可发射状态，但肯尼迪坚持没有他的授权，这些导弹不准对苏联开火。
他亲自指挥“隔离”措施的执行。勒令哪些船只停航、停航命令什么时候宣布和如何宣布、在什么情况下登船等等的决定都要听他的命令。
他的态度是：对于船只，尽可能不要出现人员伤亡、不要把船击沉；对于潜艇，由雷达搜寻、军舰跟踪，迫使其浮出水面，但不得采取进攻性行动。
赫鲁晓夫为了不把事态扩大，也采取一些行动。
24日晚，苏联塔斯社播放了他给鹰国著名和平主义者、哲学家罗素的回信，他在信中表示，“战争与和平的问题是如此重大，我们应该考虑举行最高级会议以便讨论已经发生的全部问题，尽一切努力来消除爆发热核战争的危险。”
在给联合国代理秘书长吴丹的信中，赫鲁晓夫同样表示，即使在封锁的情况下，他也愿意谈判。
24日下午，他突然召见正在莫斯科的米国企业家——威斯汀豪斯国际公司总经理威廉·诺克斯，两人进行了4个小时的谈话。
在谈话中他承认：在古巴有苏联的导弹和核弹头，但强调这是出于防御目的，肯尼迪是在冒一场世界大战的危险；同时保证，这些导弹都处在苏联的牢牢控制之下，苏联不会首先使用核武器，他对摧毁这个世界没兴趣。
同时他也警告，如果米国海军试图拦截开往古巴的苏联船只，苏联迟早将下令潜艇击沉那些米**舰，或在公海上拦截米国船只进行报复，苏联不能无限期地忍耐下去。
24日上午10点，米国的海上封锁正式启动，米国海军在距离古巴500海里的水域设置障碍物。
这个时候，有16艘苏联干货船和6艘油轮正驶往古巴，其中3艘舱口大的货船适合装载导弹。
最终，美苏两国在加勒比海形成两军对垒局面，一个极度危险的局面。
只要苏联船只拒绝停航接受检查，米国海军就将对其开火；而苏联货船由携带核弹头的潜艇护航，一旦货船受到攻击，潜艇舰长可以对米军舰进行还击，必要的时候可以自行决定使用原子鱼雷。
在古巴，苏联不仅拥有中程导弹，还有162枚核导弹和战术核弹头。
对峙的场面出现，让赫鲁晓夫和肯尼迪都显得焦虑不安。
肯尼迪怀疑他的命令是否被正确理解与执行，强调“只有总统的命令才能开火，否则会发生第三次世界大战”。
赫鲁晓夫虽然认为米军的军事动员是在恐吓，但对局势的发展感到没有把握。
在24日上午举行的中央主席团会议上，他表示希望解决导弹危机。
他说，继续与肯尼迪针锋相对不会有什么成