效，提议运送导弹前往古巴的船只停止前进，或就地抛锚等待封锁结束，或掉头返航，并寻求新的途径保护古巴，或者使之成为“一个和平的地区”。
会上决定，运送民用物资的船只，包括油轮继续前进，并且不准米国登船检查。当时，军舰和潜艇的船长接到莫斯科发来的密码电报，命令“不要和米国的阻拦发生接触，不得越过封锁线，而要转移到一个安全的地方，原地待命。”
而在米国，肯尼迪也指示大西洋舰队司令部，除了给苏联船只掉头回去的机会外，不要采取任何行动，让苏联船只平静地离开。
为了防止海军军官冒失行事、采取一些未经授权的行动，从而加剧危机，他同时还给海军作战部长安德森下达严格命令：对封锁区以外的任何苏联船只和舰艇一概不得加以阻拦、强行登船或骚扰；对驶往隔离线的船只要密切跟踪，没有明确指示不能采取行动。
25日，赫鲁晓夫主持召开中央政治局会议。
他认为，最新情报表明，肯尼迪不会退缩。如果坚持在古巴部署导弹，其结果只能是一场战争，现在是采取战术灵活性的时候了，建议直接进行交易。如果肯尼迪保证不入侵古巴，他将下令拆除弹道导弹。
26日，18艘苏联货船中的16艘开始返航；同一天华盛顿收到赫鲁晓夫给肯尼迪的一封私人信件，“表示出对于危机的含义有着完全合乎情理的了解。”
赫鲁晓夫在信中敦促肯尼迪审慎行事、保持克制，并且暗示：苏联可以从古巴撤走导弹和部队，作为交换，米国则保证不入侵古巴。
27日，米国的两架低空侦察机遭到古巴地面炮火袭击，一架u-2飞机被苏联导弹击落，飞行员丧生。
米国国内要求空袭的压力越来越大。
这一天，还不知情的赫鲁晓夫提出了新的交易条件，要求米国撤去在土耳其的导弹来换取苏联撤除在古巴的导弹。
已经知道情况的肯尼迪也没有批准对古巴的报复，而是在苏联问题专家的建议下，故意不理睬赫鲁晓夫的第二封信，只对他第一封信的建议——以保证不入侵古巴来换取苏联从古巴撤出导弹做出回应。
他在信中警告赫鲁晓夫：如果苏联不撤走导弹，或是把这一问题同欧洲和全世界的更广泛的问题联系起来而使古巴问题的争论拖延下去，那么肯定会使古巴危机加剧，并使世界和平受到严重的威胁。为了避免任何通讯上的延误，米国政府同样将此信直接向媒体发布。
晚些时候，得知有米国飞机在古巴上空被击落，赫鲁晓夫非常震惊，非常担心肯尼迪受不了这样的刺激而做出强硬反应，对驻古巴苏军司令官进行了一番痛斥。
28日凌晨，苏联驻古巴大使转述了卡斯特罗的信件，卡斯特罗言称今后24-72小时米国会入侵古巴。卡斯特罗的信件实际是督促苏联“立即对米国发起核攻击”。