28日上午10点，赫鲁晓夫再次召开最高苏维埃主席团会议，并在会议当中收到了肯尼迪的来信。
他认为，肯尼迪已经做出了最后让步，苏联如不妥协，米军入侵古巴不可避免。
会议决定：接受米国承诺不入侵古巴、苏联撤出导弹的建议。
11月8日至11日，苏联撤走了在古巴的全部导弹，并在公海上接受了米国海军船靠船的检查和拍照；
11月20日，苏联又答应在13天内撤完伊尔-28型轰炸机。
随即，米方宣布解除封锁。
苏联军方利用这次事件提出一个新的、大规模的核武器计划，特别是要大力发展能够打击到米国本土的陆基洲际导弹。
这个计划得到了批准。
以此改变在导弹危机中所表现出来的核劣势，实现与米国的势均力敌……