皮？我姓施名全，现在是殿前小校，想为天下除一个奸贼。生前不能诛你，死后必为厉鬼，勾你奸魂，看你逃到哪里去！”
秦桧被他痛骂，气得混身发抖，急命人把施全拿交大理狱中，次日施全被杀死。秦桧经此一吓，于是派家将五十名，各持长矛，作为护卫，居家则在阁外伺候，外出必随行保护。但是自此后，秦桧坐卧不安，时常觉得冤魂缠绕，于是酿成了一种怔忡病症。整日里请医调治，参茸等物，服了无数，才觉有点起色。赵构居然特地赐给他假期，还诏令执政到秦桧府第议事。秦桧病稍好，乘桥入朝，又想大兴冤狱，诛杀好人。
不久，太傅韩世忠病死，秦桧心中更加欢喜。韩世忠自致仕以后，闭门谢客，口不言兵，时常骑驴携酒，带一两名仆人，纵情游览西湖，即使昔日的部下，也很难见他一面。赵构多次召韩世忠及其家人进宫饮宴，“眷礼深笃”，屡赐其名马、宝剑等。绍兴二十一年，韩世忠病重，上表辞官。八月四日，被策拜为太师。同日，韩世忠病故于临安，享年六十三岁。获赠太师、通义郡王。
韩世忠死后，秦桧更加横行无忌。秦桧以诽谤朝政罪，兴起了王庶二子、叶三省、杨炜、袁敏求四大狱案。秦桧奏请赵构从台州谢伋家，收回綦崈礼所受的圣旨，想消灭对自己不利的证据；进士黄友龙指责秦桧，被处以黥刑，发配岭南；内侍裴咏因指斥秦桧，被编管琼州。
绍兴二十四年三月，秦桧的孙子秦埙以锁厅试和省试第一的身份参加殿试，秦桧上奏请求由亲信汤思退、魏师逊担任主考。赵构读到秦埙的文章，发现其行文语气与秦桧毫无二致，就擢升张孝祥为第一，降秦埙为第三。秦埙被任为实录院修撰，宰相子孙同领史职，前所未有。
绍兴二十五年二月，沈长卿和芮烨共赋一首《牡丹诗》，被邻人告发，于是都被贬职。知府吕愿中赋诗向秦桧献媚，立被召用。有人奏请秦桧乘金根车、设益国府官署、加九锡，秦桧泰然受之。
赵令衿看秦桧所作的《家庙记》，顺口说出“君子之泽，五世而斩”，被人告发；御史徐喜揭发赵鼎之子赵汾与赵令衿关系密切，于是他们都被送入大理寺。秦桧深恨赵鼎、张浚和胡寅，此时赵鼎已死，于是让赵汾自诬与张浚、胡寅谋划叛乱，想将他们一网打尽，受牵连者达五十三人。案成后，秦桧因病重不能写字。
赵构去秦桧家探视病情，秦桧无一句话，只流泪而已。赵构命沈虚中草拟秦桧父子的致仕诏书。当夜，秦熺派秦埙同林一飞、郑木冉见台谏官徐喜、张扶，策划自己的拜相事宜。赵构又加封秦桧为建康郡王，进封秦熺为少师。当晚，秦桧就死了。赵构追赠他为申王，谥号“忠献”。
开禧二年，宋宁宗下诏追夺秦桧王爵，改谥谬丑。
岳飞被秦桧夫妇施计害死风波亭，军民对此无不义愤填膺。临安一个饮食摊贩得知消息后，深感不忿，就捏了形如秦桧和王氏的两个面人，绞在一起放入油锅里炸，并称之为“油炸桧”