与此同时，也在平围城内部署兵力，又以防边为，把明祖第四子燕王朱棣的护卫兵调出塞外戍守，备削燕王。
建文帝以为备停当了，秘密下令擒拿朱棣，但是没有成功，加上削藩措施严重威胁藩王利益，坐镇平的朱棣于1399年（建文年）起兵反抗，随后挥师下，称“靖难之役”。。
建文帝无大将可用，只好起用幸存的老将耿炳文统兵伐，又派李景隆继续讨伐，而建文帝也缺乏谋略，致使主力不断歼。朱棣以平（bj）为地，适时出击，灵活运用策略，经几次大战灭官军主力，最后乘胜进军，于1402年（建文四年）攻下帝都应天（江苏京）。战争时四年（1399—1402年）。战乱中建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。同年，朱棣位，就是明宗，嘉靖时为明成祖。
第二年，永乐，平为bj。1421年，迁都bj，称bj为京师，京为留都。