都安装有大炮十余门，载员三百余人。按《明档》中载：“职猶记粤东与镇臣郑芝龙破刘香时，阅其战舰，坚原如铁城，每船可安置大铳二十四位。”
满清的康熙继位之后，为了同台湾郑氏家族作战，对鸟船也极为重视。康熙二年，张学礼奉命出使琉球，其在福建制造了两艘鸟船作为封舟使用。
其所造的鸟船船长十八丈，按照后世的尺寸，约五十六米长，阔二丈二尺，约六点八米宽，高二丈三尺，约七点二米，桅杆高十八丈。舵杆购自在福建贸易的荷兰人，制造精良。使臣张学礼曾用此船与荷兰人的夹板船相比，认为“虽坚固不及，而宽、广过之。”
这两艘鸟船不仅船体硕大，船上还配备有火炮二十四门。上层甲板装备十六门中炮，下层夹板装备八门红夷大炮。明末清初，许多船只都是将大型的红夷炮安置在下层夹板，而数量均是八门。此船装备的火炮数与郑芝龙的战舰一致，均是二十四门。虽然还赶不上郑芝龙装备三十六门火炮的大战舰，但是在东亚国家里，此船可以算是最精良的战舰了。
这两艘船只在出港之后，便迎来了一次实战机会。在途中，他们与一艘郑氏战船不期而遇，看到郑氏战船后，两艘鸟船立刻向其开炮，一次炮击便将此郑氏船只击碎，船上百余名郑军全部随船沉入水中。
在这之后，为了攻打据守台湾的郑经，清廷福建总督姚启圣命福建各县备造鸟船。根据陈良弼的记载，这种鸟船与下海的商船类似，载员共三百人，这一点跟海盗刘香的大鸟船一样。除此之外，船上还设有“双战棚”、“两重炮位”，且“器其重大”装备十分精良。
康熙二十二年，六月二十日，清廷派使臣汪楫率使团出使琉球，这次出使，清廷并没有像往常一样制造新的封舟，为了节省费用，转而从当时的水师战船中挑选，而这些战船正是姚启圣准备用来攻台的鸟船。汪楫在其《使琉球杂录》中详细记载了被挑选出来的鸟船：“船长十五丈有奇，阔二丈六尺，桅高十余丈，头桅踰其半……战台各翼以扶欄列炮十二。”
康熙二十三年，施琅率舰队分兵三路向澎湖本岛发起总攻。施琅以五十六艘大型的鸟船为主力，百余艘中型船只为策应，八十艘船只为后援，从正面直接进攻正在澎湖驻防的郑军舰队。双方的激战一直从早晨持续至下午，清军获得大胜。凭借五十六艘大鸟船，清军一举焚烧、击沉郑军鸟船、炮船、赶缯船、洋船等共一百五十九只，俘获鸟船二只，赶缯船八只，双篷艍二十五只。
澎湖海战过后，郑氏的舰队大部分被清军歼灭，其水师已经无法再与清廷抗衡，郑克塽被迫投降清廷。至此，明郑覆灭，依附郑家的明朝宗室们全部自杀成仁。
正所谓“飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹。”威胁即不存在，这些所费不赀的大型鸟船对清廷来说，也就没有存在的必要了。不久后，施琅便将此式战船全部拆改，自此之后鸟船便从清军水师的序列中消失无踪。因此当鸦片战争