后，二十万燕军倾巢出动，兵分两路下朝着昨日的战场气势汹汹攻来。
朱权昨日在山坡下惨败已然有了教训，深知敌军居高临下的厉害之处，行军途中当即传下军令，让大军在山坡下修筑坚实营寨牢牢扼守这唯一可以下山的一面。再让张玉，景骏，司马超等将各自率领数千士卒轮番攻山，引诱敌军不断抛下滚石檑木，困死敌军下做消耗战。
南军都督瞿能之所以请命驻守此山，便是因为此山一面临水，两面地势陡峭下难以攀爬强攻。岂料一场突如其来的大雨竟使得河水暴涨下阻遏援军，使得自己坐困孤山。
白沟河北岸一处南军营地中，都指挥平安得斥候所报，燕军兵分两路，骑兵在朱棣率领下顺着河边而来，另一路步卒略微落后下自侧翼夹攻而来，当即沉着脸传令撤军。他乃是蓝玉昔日麾下猛将，虽则骁勇善战，却非鲁莽无知之辈，深知骑兵在平坦地势下对阵步卒虽有压倒性优势，但在此处一面临河的不利地势下和朱棣纠缠厮杀，身处难以转圜之地再给敌军步卒自侧翼强攻，局面势必凶险。故此无奈之下只得打消了率军策应都督瞿能的打算。
端坐汗血宝马之上，率军疾行的朱棣闻听宿敌平安率军远遁后，也就不为己甚，当即领军掉头回转山下，牢牢守护于朱权大军一侧，让骑兵中数百精于骑射的斥候分头探查敌情，以防平安率军去而复还。
征虏大将军，曹国公李景隆空有远胜于燕军的兵力，却给一夜之间洪水泛滥的白沟河困于南岸，眼睁睁看着对岸燕军猛攻山坡瞿能所部，心中陡然涌起一股无力之感，心中暗自忖道：若是去冬大雪晚降数日，只怕朱棣，朱权早已兵败就擒。此次两军交战，我军占尽地利下却给这场大雨迫得束手无策，难道天意当真佑护燕王，宁王不成？
朱棣率朱权，张玉，朱能等人领所有燕军牢牢扼守山下，将瞿能所部南军困死于山上。
南军都督瞿能眼见燕军在山下修筑营寨，不甘坐以待毙，当即率领麾下士卒沿山坡冲下突围，数度冲杀下身中数箭，力战而死。麾下被困孤山之上的数万南军眼见主将战死，友军虽近在咫尺却是难以救援，当即军心大乱，除跟随瞿能战死的一万余众外，尽皆归降。
李景隆遥见瞿能全军覆没，朝廷大军遭此大败下军心动摇，当即率军朝山东济南撤去。