堡，然后引兵在乌拉城西门相对二里以外的金州城扎下大营。布占泰凭河相抗，双方相持四五天，皇太极等人按捺不住，向努尔哈赤请战，要求率兵渡河，攻打乌拉城。努尔哈赤指出这是“浮面取水”之言，认为“欲伐粗大的书寸木，岂能即刻折断？必须斧砍刀削，渐至微细，然后才可折断。相等的大国，欲一次攻灭，怎么可以办到？”因此，他不同意皇太极等人的请求，而是派兵四出焚掠，拆毁被占领的六处城堰，焚烧许多房屋和粮草，并在伊玛哈达筑城，派兵驻守，以监视乌拉的行动。翌年正月，努尔哈赤攻破乌拉城，布占泰逃亡叶赫。
努尔哈赤一度想立长子褚英为储，但是褚英背着努尔哈赤做了很多违反其愿望的事，甚至逼迫皇太极等也跟他一起行动。皇太极等向努尔哈赤揭发了褚英的阴谋，万历四十一年（1613年），努尔哈赤将褚英幽禁，两年后又毅然处死了他。[13]从此皇太极进一步得到了信赖。万历四十三年（1615年），努尔哈赤整合正黄、正白、正红、正蓝并加镶黄、镶白、镶红、镶蓝，正式完成了军政合一的八旗制。皇太极被任命为管正白旗的贝勒[14]。
后金天命元年（明万历四十四年，1616年），努尔哈赤建立大金国（史称后金），称大汗，任命次子代善为大贝勒、侄子阿敏为二贝勒、五子莽古尔泰为三贝勒、八子皇太极为四贝勒，是为“四大贝勒”。四人按月轮值，“国中一切机务，俱令直月贝勒掌理”。从此皇太极被努尔哈赤视为左膀右臂，满洲贵族的核心人物之一。
天命三年（明万历四十六年，1618年），努尔哈赤下定决心要对明朝发动进攻，但是具体怎样行动，却议而未决。皇太极献上一计。他提出先打抚顺，“抚顺是我出入之处，必先取之”。并建议利用明朝守城游击李永芳要在四月八日至二十五日大开马市的机会，派遣五十人扮作马商，分成五伙，入城为市，继之由他亲自带领五千士兵夜行至城下，里应外合，两面夹攻。努尔哈赤欣然接受他的建议。四月十三日以“七大恨”誓师征明，结果大获胜利。抚顺之战是后金与明朝的第一次大战，对后金以后的发展影响深远，皇太极的献计献策及亲临战阵，对后金的胜利有决定性的作用。
抚顺兵败城陷的消息传到明都，“举朝震骇”，多年不理朝政的明神宗惊呼：“辽左覆军陨将，建州势焰益张，边事十分危急”。为了置后金于死地，明朝于天命四年（明万历四十七年，1619年）联合女真叶赫部及朝鲜王朝，向后金进攻，萨尔浒大战爆发。大贝勒代善命皇太极率领右翼正白、镶黄、镶白、镶红四旗去攻打吉林崖的西路杜松军，自领左翼正黄、正红、正蓝、镶蓝四旗去监视和阻击萨尔浒（今辽宁抚顺大伙房水库东侧）的明军。此时努尔哈赤来到前线，观看了明军的阵势，改变代善的作战部署。他亲自率领正黄、镶黄、正红、正蓝、镶蓝五旗先去攻打萨尔浒的明军，命皇太极等带领正白、镶白、镶红三旗去监视和阻击吉林崖的杜松。当努尔哈赤消灭萨尔浒的明军后，回军与