于是人类开始了这个疯狂而愚蠢的计划，没多久地球的天空被一层黑色不透光的云遮蔽，但是人类期待的情况并没发生，出现能源短缺的机器人并没有大批的瘫痪，他们就地取材得把战场上受伤的人类战俘当作临时“电池“（这是matrix产生的最初动机，当时只是把人类简单的一排排得接在机器上，通过刺激人类的脑部使人类的身体发电，但连接在机器上的人类很快会死亡，死亡意味着电池没电，为了使电池的寿命更长久，机器人才开始研究人类的脑部，并完善了食物供应体系，使人类在连上机器后能存活更长时间），机器人击退了人类集中所有力量的最后反扑，在消灭了人类最后的政府后，人类所有有组织的抵抗宣告结束，人类的时代宣告终结。
其实机器人也因为人类遮蔽了天空能源出现的问题，虽然把人类战俘当电池用暂时解决了危机，但是短时间内转换能源供应体系也非易事，只有先把更多的人类当做电池来解决眼前的能源短缺，于是大批的人类被抓去当做电池，最后几乎所有地球上人类都被当电池。
可是被当作电池的人类会很快死亡，于是已经对人类脑部有了相当了解的机器人开发出了可循环的人体电池系统，人类的脑部连接在一个电脑虚拟的空间里，这就是最初的matrix系统，在这个系统里，人类是生活在完美的世界上，所有欲望和需要都被满足，机器人以为这样的系统可以使人类长久的生存，但是对人的情感世界缺乏了解的机器人错了，连接在这个完美世界里的人类电池大量死亡......
今生篇
现在进入电影里的matrix（矩阵）世界，这里的matrix是模拟人类某个历史时期，大多数人类并不知道自己生活在虚幻的世界里，但是这个虚幻的世界并不十全十美无懈可击，在世界的某个角落里总是存在着一些或大或小的bug，还有人类中的某些特殊体质的个体似乎能超越系统的控制（动画版里超越体能极限的短跑高手），更有甚者，一些程序和人类接触中有了自我意识，他们学会了逃避系统的删除。
这些难以估计后果的错误有可能导致整个系统的崩溃，对此早期的matrix是用亡羊补牢或对知情者灭口的消极方式加以应对，可是这样的运转模式显然无法长久，问题是会越积越多的，修补系统错误带来的可能是更多的错误，必须有一个方法定期对系统进行“大清洗“并重新启动。
（试想一个充满bug的游戏服务器，这个服务器从来不停机维护）这就是大家一再提到的“matrix升级“，但是麻烦的是连接在matrix上的无数人类生命显然是无法重新启动的，这时对人类情感世界已经有相当了解的matrix找到了一个“最经济“的方案，那就是反过来利用错误来消灭错误，并利用错误创造重新启动系统的机会，这个完美的计划就是电影黑客帝国三部曲的全部内容。
以下是我按照电影的情节对这个计划的推理。