这个计划的开端是设立zion（锡安）这个人类觉醒者的收容所，由于对人类觉醒者的杀戮往往导致更多人的觉醒，与其如此，不如把这些觉醒者踢出系统，并且统一监管起来，zion 与其说是人类自由的乐土不如说是一个大监狱，为什么这样说，要知道zion是matrix派出的人建立的（位置matrix当然是早知道的），而这些人理所当然的成为zion的领导层，所有人实际上是在matrix控制的人监管之下。由于人类是有繁殖能力的，zion的扩张也是必然的，为了防止zion因强大而失去控制，所以matrix要定期毁灭zion（举手之劳而已），而这个过程和matrix的升级计划合二为一。
第二步是创造一个人类觉醒者所崇拜的“先知“，由于matrix对人类长期的研究发现，人类是非常迷信的（人类把这个称为信仰），对“奇迹“还是“圈套“缺乏理性的判断力（有些看电影的人还一直坚持认为先知是在帮助人类.....连看电影的人都被迷惑了....），先让先知给那些“反抗军“少许“甜头“，然后就可以把这些家伙在matrix里的行动也控制起来。
实际上电影里无论墨菲斯还是neo（尼奥）所有的行动都是那个先知提示的，他们在有所行动前已经习惯性的要到先知那里去“批命“，这种精神控制的手法其实一点也不新鲜，人类社会的邪教组织一向都是用这样的手法，区别是邪教一般是用一些小骗术来骗取他人的信任，而这个先知是通过高速电脑事先计算出未来事件的发生（所以这些事都不是一定会发生的，是需要先知这样的角色来引导或诱发才能达成的）来取得人类的信任。
第三步就是给这些zion的人类创造一个虚幻的希望“the one“（救世主），也就是电影中的主角neo，他还有一个作用，由于那些逃避删除的程序熟悉matrix的操作手法，他们可不会吃“先知“的那套把戏，要对付这些“危险的系统垃圾“也需要借助这个特殊的角色，在电影里，neo在先知的诱导下（让他去找钥匙人）去踢了法国人的场子，消灭了他很多能力强大的手下。
为什么不消灭法国人，因为法国人起的也是类似zion的作用，他把逃避删除的程序收集起来当做手下，就象把垃圾扫到垃圾桶里（法国人说白了就是一扫地的），这样才好一次倒掉（由the one来负责一次倒掉），估计每次matrix升级都会有个the one听了先知的引导，到法国人这里来打砸一翻，所以法国人对先知的这种手法既痛恨又无奈，这也是他想要挖先知眼睛的原因。
第四步就是开始清理系统内外，这个步骤需要先知的诱导和neo的强大能力，首先是使neo获得能力并对先知言听计从，这段过程大概是黑客第一集的内容，然后就是对系统内的逃逸程序进行打击，先知以找钥匙人为诱饵，让neo一伙和法国人的手下火拼，结果法国人手下全灭。
法国人夫妻出于