三天后，张国纪和王家桢要返回南京了，北京南门外，天启皇帝正为他们亲自送行。这里二人的回程，可比来的时候更加壮观。
跟他们一去去南京的，有户部刚刚选派帮助王家桢，重新丈量土地的工作人员，有吏部选派到江南特别行政区的后备官员。有礼部右侍郎南怀仁，亲自带队的国子监人员，有一路护送二位进京的，南京锦衣卫成员，还多了一个整编师，整整一万三千人。除此之外，军队和锦衣卫还共同押运着五百两白银，和天启皇帝刚刚交给张国纪的，一批文玩古董。
王家桢和张国纪回到南京后，马上开始分工，着手准备江南特别行政区建立的各项工作。二位回到南京后的第七日，正式接到了，天启皇帝关于成立江南特别行政区的圣旨，随后，二位便按部就班的开始推行天启皇帝的新政。
张国纪主管商业，鼓励百姓从商，还以江南拍卖行为依托，开设了数家官营店铺。百姓们，也逐渐对从商有了兴趣，可以说是初战告捷。可是，南怀仁和王家桢的工作进度，就十分的不理想了，或者，可以说是处处碰壁。
接到天启皇帝的圣旨后，南怀仁就率领学生们，去江南各地开办学校，这一下可不得了了。首先，各地百姓听说，去朝廷开办的学校读书不要钱，纷纷把孩子去私塾里，送到了朝廷开办的学校中，弄得教私塾的先生们，集体失了业。这下私塾先生们，集体不干了，写了万言书，去京城告御状。
这头告御状的事情还没完，那头江南百姓们又不干了。因为，他们从孩子们的口中得知，原来朝廷开办的学校里，不教八股文章，而是教授什么西学？交孩子们学算数，还教孩子们说洋话，有时候上学，还不在学堂里面，带着孩子们去野外疯跑。不教八股文章，以后，怎么考功名？既然考不了功名，那读书又有何用呢？还有，孩子的父母们发现，教他们孩子读书的人里，居然有红毛鬼，他们害怕那些红毛鬼，会吃掉他们的孩子。所以，百姓们基于这些想法，几天后，又把孩子送进了私塾。
还有让百姓们更想不通的事是，朝廷还强迫，不许给女孩子们缠足，还规定所有女孩子，必须同男孩一样上学堂。这件事，让许多百姓都想不通，女子读书自古也有，可是，规定女子必须读书的朝代，除了天启朝就没有了。本来让女子读书，又不让个人出钱，这说来也是一件好事。可是，当得知负责教导女子读书的人，全是男子时，百姓们全不愿意，把自己的女儿送进这样的学堂了。还有不许女子缠足，更是遭到了各地的疯狂抵制。
而相比南怀仁，王家桢遇到的问题就更棘手了。他派人出去重新核查人口，还有，通知那些大地主们，要求他们配合朝廷重新丈量土地。可这些打地主们，却一边找各种理由搪塞王家桢，一边联合在一起，哄抬江南各省的粮价，他们囤积各种物资，不让名下的店铺开门，他们还故意停下名下的手工业，造成大批手工业者失业的局面。给普通百姓的生活，带来了严重的不便。
而王