官抢去了，许多漕运批复都是文官在办理，运输的主要力量是地方帮会。漕运兵只是保护漕运安全，而不参加运输，且兵只剩一万，如果除掉缺员，还不足一万，明末的兵员，一般都只有名义上的一半，还包括老弱病残。
运输的帮会是一些专业运输队伍，与纤夫帮的帮会有区别。纤夫帮只是下层的帮会，主要是拉纤，任何业务都接，对官方的业务涉及较少。
漕运帮会主要是那些有点背景或有实力的帮会，因为需要有关系或有钱财，打通官府或官员的环节，才能获得批复，争取到运输业务，纤夫帮成立不久，走的是低端路线，一般不参加有涉及官方的业务。漕运帮会则把主要精力放在处理与官府的关系上，官员的态度，决定漕运帮会的生死富贵。
运河沿岸有不少土匪，但土匪却很少抢官方的运输物资，因为清楚，官方的物资如果丢失了可能会派大军来围剿。正由于土匪抢劫得少，漕运兵丁也只是做做样子，对保护漕运的功能不断萎缩，兵丁也不断减少。到崇祯元年，漕运兵丁不足一万，军官除了总兵之外就是几个千户在管理漕运兵。
新皇帝掌握漕运，先是接管军队，禁军接管漕运兵时，原漕运总兵调往别处，总督暂时不动。接管漕运总兵事务的人是原信王体系资历最高的杨令，由杨令接手漕运兵。杨令已经升为了一等侍卫，相当于参将，京官外放升一级的习惯此时也可利用，于是杨令升为副总兵代行总兵之职，同行的还有常延年，常延年已升为了从三品武职，相当于游击，现常延年也升一级，为参将，协助杨令管理漕运兵。
京中禁军主要是训练部和训导部在训练，下级武官都是原信王府系统的军事人员或经过军培训班学习过的新型军事人员，上层还是有一些勋贵，上级勋贵也知现在是新皇，旧时的吃空饷不行了，对下级军事训练和军事组织也放手，只是怎样组织巡逻和警卫，如果确有个别想管过多的人也会受到张维贤等人的劝导，或皇帝的处理。
杨令等人在京城或皇城中不算什么人物，外放出京城还能起到独当一面用，所以杨令，常延年等人调整到运河。
杨令，常延年等禁军官兵，经历过皇城的禁军整编，对整编旧军队已经有经验了。在淮安整军，虽然是独当一面，但整军的对象也没有什么大背景，可以依原先的经验整编旧军队。
杨令接管漕运后，标志着漕兵中吃空饷的现象必须停止。杨令带来了一千禁军和许多有出任千户资格的军官，原先的总兵也带走了一、两个千户，缺员的千户自然由禁军出任，其他千户能留者先挂副职，能适应新形势，不吃空饷者再转变为正千户，不能留者，调走，对部分**由子则调往矿山开矿。
皇帝系统接管漕运，漕运兵自然要扩充到名义上的一万，原先的千户能用者还是有条件留下。扩军不是一天就能扩成，在扩军前，还是要以带来的一千禁军为基础，整编原先的漕运兵。在皇令和禁军前，原先的军官降半级使用也不敢有怨