言，因为也有言在先，合格者升任原职，不合格免职。
重新训练漕运兵，使之具有相当的战斗力，是接下来的事，延后是与沿河卫所联合，建立综合防务体系，甚至清剿河边土匪。漕运兵的训练是北方禁军与南方纤夫军合作的结果，在此过程中，沿河皇帝系统掌握的卫所和纤夫帮给以了大力支持，最初是提供了漕运兵缺员的兵员，后来，漕运兵反而可以向其它沿河卫所提供军事干部，帮助沿江地区训练新兵。
原先从事运输的帮派也在新军的影响下发生了质变，其变化主要是行贿行动减少，收入的费用也减少。这是一个慢慢的过程，虽然帮会感到只要支出少了收入少也不怕，或者还更好经营，但有的帮会首脑还是怕，最初，帮会怕行不通，怕丢失业务，也有人脑筋转不过弯，到后来还是由纤夫帮并吞各漕运帮，或各漕运帮成为纤夫帮的下属帮会，由纤夫帮管理。因为纤夫帮是成立不久的新帮派，许多旧习气旧做法都不存在，或没有实施过，在人员上也是增了许多原信王系统的人，或是经过原信王系统培训过的人。其实漕运帮会除少数贵族外，大部分人也是求生活的苦力和一般人。
在此过程中，对皇帝体系接管漕运，漕运总督和文官由表面支持，心里的态度则多样，一般经历发由阳奉阴违，到想法抵制的过程。在此过程中，皇帝系统的人员了解和掌握了漕运的业务，也明确的漕运业务的相关问题。最后，在条件成熟时，由皇令取消漕运总督，漕运的管理权也由文官手中转到皇帝系统的人员手中，到总后勤部成立后，整个漕运业务并入总后勤部。
漕运兵在几个月的发展过程中，是整个个事件的新历者和见证者，也就是在漕运兵的努力下，才顺利的完成的向总后勤总转化和交接的过程。
在后世，物流和运输是一个很大的学问，由文官那种只在衙门中等人来行贿，贿赂高者得批复的管理方式，不适合业务的发展，而漕运是经济的动脉，必须科学的发展，必须按规律办事，按经济原则发展。
在漕运兵的综合防务体系下，纤夫帮也获得了发展，漕运帮派都执行了纤夫帮存在发展的原则，纤夫帮也掌握运河两岸边地区。
总后勤部成立后不久，杨令出任长江提督，总后勤部运河区域由常延年暂时管理。