抚和俞咨臬向兵部报批了许多相当于千户或守备之类的以及千户守备以下的武官。
懂异山到福州，因为福州有朝庭的造船厂，主造福船，必须要尽快了解情况或整顿。现福建巡抚在泉州，福州与泉州相隔不远，便于懂与朱协调关系。原先懂带陆路军到达了福建，由于朱弘对福建的重视，进入福建的纤夫军也是最精锐的。现在朱弘掌握权力后，水军也从海路到达福建，有朱巡抚、俞副总兵和皇命，进入福建也就不难了，水军主要在福建北部即福州以北训练和合编，陆路军由于先到，稍整顿后就集中到泉州附近，因为十八芝的人打到了泉州城附近。
朱一冯巡抚也很积极的剿盗，因为泉州陷落朱巡府责任重大，且有被俘的可能。所以朱巡抚也对战争很支持，得知增援军的现状和以懂异山为首，特以福建巡抚名义在战前升懂异山为补丁都司，以便高于其他千户或守备，便于指挥。
官军与海盗的战争以没有悬念的击败了海盗而结束。或许是以前明军的军备荒荒废而不堪一击，而出现海盗胜利之局，或许攻到泉州附近的海盗只是前锋，而不是主力，或许海盗只想吓一吓巡抚，且不想俘虏巡抚，好以后见面谈话。重要的是海盗与纤夫军的组织结构不同，海盗习惯于接舷战夺船，以勇猛著称，几乎没有阵战，配合也不多，在点象土匪；纤夫军主要训练阵战和众人的配合，讲究齐心协力，胜利后追击也是一伍一班的整体行动，从没有人落单。
以前纤夫新军最多也只是打过土匪，实战经验不多，在福建招的新兵大都都没有上过战场。在战斗中，军官和士官镇定，新兵也跟着不怕，战斗中也按平时训练的方法，在军官指导下勇敢刺杀。
海盗主要是来抢东西或立威的，根本不想拚命。新军大多是苦力，穷得死也不足惜，大都很拚命。战斗过程中也体现了懂异山的军事基础知识扎实，随机应变能力和驾驭全局的能力。海盗首战败后，士气低落而纤夫军则士气高涨，且“新兵成老兵”。
新军由北向南扫，一城一镇的按部就班的打，不管你不堪一击也好，加进精粹也好，都不影响进军兵力布置。三个月就打到了夏门前，除了海盗最先攻克的海登外，就是晋江城还在海盗手中，几乎收复福建大陆。就是晋江城和海登城也不牢靠，懂异山先集中力量打晋江，晋江是郑芝龙的故乡，但原来的城建不强，易打。
在这几个月中，懂异山军陆续收到了运来的许多自造炮，晋江在炮火的帮助下，还是打下下来了。晋江打下来后，海登城也军心涣散，无心再战。纤夫军打下海登后，宣告郑芝龙即回不了故乡晋江的石井镇，也回不了福建，只能在海岛上了过残生。
纤夫军收复大陆时，俞咨臬掌管水军和训练水军，陆路军和岸防军由懂异山指挥。懂因驱逐十八芝之功而升官，已升为正式的游击了，虽然官还不大，但众武官都知其是天子的门生，多了一份尊敬，懂在整合福建上到也还顺利。
懂手下有陆路军和岸