后勤军筹备处在夏初的崇祯元年四月份就成立，先是把一些重要的后勤部门单独的独立出来，到时把一些独立的后勤部门合并，组建成了总后勤部，七月下旬，是总后勤部正式成立的日本期。
武将单列，军队后勤体系和装备体系的改良或独立是必须执行的事务，是关系到能否与后金一战和保卫天下的大事，是自己的生命和天下人的生命，不容破坏。当时朱弘心里就下了决心，如果文官寸利不让，硬是要阻止总后勤部，总装备部建立，那么皇帝与封建官僚的决战也会提早来到，即使整个文官体系都一齐反对，也必须与之战斗，就是把天下打烂也没有办法，或象洪武朝样成千成万的杀贪官也在所不惜。
能不付出大代价，则尽量减少代价的付出，有时候必须付出代价，也只得付出。好在魏忠贤打击文官之后不久，文官又不团结，文官只是心里或暗中反对，没有采取公开行动阻止。这种局面，对朱弘来说，是好局面，能不付出大代价，再好也不过，自己可以慢慢整顿吏治，与封建官僚斗。
在总后勤部和总装备部成立之后，朱弘责令总参谋部，总训导部联合重新建立军功的评价体系和评定原则。新评价体系的部门，并入宣导部，是一个新的部门，主要由一些懂军事的人员，在原先信王体系的量化管理的基础上更全面的制定军功的具体事项，逐项计分。原先由文官乱说一通，真正有功可能得不到奖励，奖励的人可能是无功或功劳小的人，一切都靠关系。新军功评价系统与旧体系最大的不同是取消了人头计功的原则。
原先以人头计功，虽然可增加计功的客观性，但在文官操纵下，其客观性也大打折扣，人头也被上官按自己的意图分润到众官，还是成了主观性的产物，最为严重的是明末军纪败坏，以人头计功的方法导致许多军官杀良冒功。现在取消按人头计功的最主要原因是当做一种阻止杀良冒功的方法。
明末最主要的问题是国人与国家的联系不密切，其主要原因又是国家对国人没有保护作用，经济收入的低下和杀良冒功是割裂国人与国家联系的主要原因。经济收入低，无法生活下去，人就会对造成自己生活困境的环境产生愤怒。
人可以随时被杀，或有人在观念上可以随意屠杀国人，那么，异族人的屠杀与本族人的屠杀就没有区别，也从根本上动摇了防范异族入侵的基础。取消人头计功，就是从根本上终止杀良冒功的重要方法。当然，阻止杀良昌功还需要军队的管理，社会的全面治理。
在军事总体安排上，卢象升还是在杨嗣昌手下训练天象军，管京营中的另一支主力。卢象升是朱弘较喜欢的将领，原先在袁崇涣不去北平行都司后，有让卢象升去的想法，但考虑到京城更重要，还是把卢留在京城。
孙传庭原先在北京任职，也就早在整顿京营之初时，就被朱弘派往陕北，趋榆林等地练秦军，现在进一步明确孙传庭、卢象升练兵之权责。早点派孙传庭去榆林，就是要早点做好关中事变的准备，也希望除