沿江沿海特区，打击地痞流氓和剿清土匪后，就为特区提供了发展的治安环境，兴修水利和减租减息，为农业发展提供了基础，而农业又是百业的基础，特区管理者办事公正，对工匠、商人或其他一切人都一视同仁，许多小商人、许多工匠或手工业者都到特区落户。
为了适应特区的发展，特区的管理机构也分得较细，工商司，水利司，水产司，农耕司，食品司，司法司，民政司，土地司的机构也相应的出现了。
农业以稳定现有的田地所有权和使用权，在现有的基础上实行减租减息政策，一般以三七分成为原则，农户得七成。
工商户实行登记政策，明末手工业和商业，最大的问题是受到歧视和没有财产保障。原先手要业户和商户存在发展都需要拜码头，投靠山。现在特区清理了所有的地痞恶霸，也不允任何地方的恶霸再出现。
特区管理机构就是最大的码头，保护一切工商户的存在发展。手工业注册登记，交上一定的费用就可存在发展。商户注册登记，申报多少财产额，管理机构就保障多少财产额的经营，申报的什么商业项目就保护什么商业项目。
特区的手工业扩大了，再增加注册资金，手工业户也愿意，因为管理部门原先就有政策公布，想搞手工加工的人也会去了解，几年运行下来，手工业户能不断扩大。原先手工业户拜码头，扩大业务也需要增加上交资金，且无标准，由大老定，比现在管理部门的收费高得多。
原先的商户，特别是大一点的商户，更是怕官员抢夺。明朝因经济问题起的纠纷，胜负结果多般都是因关系和权势大小而定胜负，极少有因道理和事实而定判定财产的归属。因此商人不敢经商或必须要有后台才能经商。现在的特区，基本上按经济原则，按道理，按事实确定财产的归属，众商人也就大胆经商。
工商都走向基本固定的分成，工商户除了登记费用外，上交的税收也比较固定，总费用也相当于三七开，商户得七成。特区的商业实行通税制，沿途没有再收税的现象，受够了官府的索拿卡要的工商户，在特区有了自己可以掌握的经营收成，自然也积极性高涨，商业出现了繁荣景象，手工业也走向扩大生产之势。
到崇祯三年，一些沿江沿海的区域，出现了城内市和城外市。城内市自然是原先大明固有的交易市场，以交易高端物品或文化物品为主，以生活物品为辅。城外市场则是特区起来后形成的，从自然市场到港口路段所出现的新市场，城外市场主要交易生活用品或自己加工生产的物品。
到崇祯三年末统计，城外市场的交易额开始超过城内市场的交易额，到此时，可以说到崇祯三年末的沿江沿海区域的工商业比崇祯初年发展了一倍。城外市场由于是建立在自己生产的工、农、渔业等基础上，还具有良好的发展势头。
原先一些专业商人或大商人，也有向特区转向，或在特区开办分户的趋势，因为许多商人喜欢通