在平定朝鲜之时，掌握了对马岛后，海军就按崇祯的旨意向北方海域搜索，并派人占领了海参崴。其后，崇祯派肖定民带一个先遣团进入海参崴，然后沿阿速江（即后来的乌苏里江）北上探险和收集水文资料，开辟进入黑龙江的水路，另派一支水军从海上寻找黑龙江的出海口和库页岛。
毛文龙回到东江镇后，就动员东江镇的人转移，东江镇人员沿鸭绿江东岸走陆路，其速度与走海路的先遣军相差不远，只是后出发，先遣军测绘沿江地理不久后东江镇的先锋队就到了。
东江镇军民反攻后金时，也要行军几百里甚至是上千里，能行军是东江镇的特点，对沿途有友军和粮食补充的行军，不是问题。朝鲜驻军和民众在鸭绿江东岸沿线修防卫攻事和城堡，朝鲜驻军和新军体系，不论你是不是东江镇军的人，只要迁徙到三江平原的人就支持。
大明军队都没有主动进攻当地土人，但时常提防被攻击。在过了图门江的沿海边上，特别是阿速江沿江一带的一些重要关口留有哨卡。哨卡多般是新军一个排或半个排，再加上东江镇的一些人员。东江镇的人到了一批后，前一批的人又集体离开，这样卡中留人，即能休息，也能学学捕鱼。
在凯兴湖等地建有较大的哨卡，做为中转站。
毛文龙到了凯兴湖之后，分水陆两路，陆路翻过完达山进入三江平原，水路沿阿速江面再走一段，然后进入三江平原。
先遣团主要是开路，顺便探险、测绘，后续团也在不久后就到了。留在哨卡的新军也由后续团的兵力接防，哨卡主要建在图门江至三江平原那段水路上。
后续团用了一个营的兵力留在哨卡中，慎重使用那个营，众哨卡分兵外，也还留有一个连的机动兵力。初期用一个的新军营一起开发三江平原，还有一个营的兵力沿松花江探险。
肖定民的目的是整个奴尔干都司，自然带着先遣团沿阿速江继续北上，进入黑龙江。其实奴尔干都司的旧城址在黑龙江下游，离开海口不远的地方，也离库页岛不远。
肖定民在昌平编练有两个旅，在进军奴尔干都司时重新编制，除了组编一个先遗团外，还组编了二个后续团。现在一个后续团在三江平原附近，二个团到达奴尔干都，到达奴尔干都后除了留一点人在重建都城外，派兵外出探险。
有两个营主力的缺额团进入库页岛，一个营沿当地人的旧路向黑龙江江北探险，黑龙江两岸各派一个营向上游方向探险，一个营在奴尔干都旧城附近活动。
台湾和库页岛都是土著不多，是比较原始的区域，但地理位置重要，不象朝鲜样，朝鲜是一个接近中国发展程度的社会，就是琉球也比较发达。台湾地处在南方，气候较暖，可以大量接收移民。库页岛还没到吸收移民的程度，许多事务有待于开发。
肖定民到达奴尔干都之后，按崇祯的计划，将奴尔干都司分为三个省进行具体管理。以黑龙江为界，江的南方为