荷兰人愿意谈判，在雅加达的荷兰代表来到了台湾。荷兰人愿意谈判主要是因为荷兰在欧洲的局势严峻，也知大明海军力量不弱。
大明对荷兰代表采取了盛大的欢迎仪式，郑芝龙舰队，杨普舰，成立不久的台湾舰队，福建海军能来的军舰和船只都来了，让荷兰人看一看在台湾附近的大明海军力量。
荷兰人一来就提出要归还荷兰人在台湾的两个城堡，归还两个城堡中的物资，释放被俘的荷兰人，赔偿荷兰人的损失。
大明的谈判代表当然懂异山，郑芝龙，杨普。大明方的人员都有谈判经验，智力和知识也不低，又掌握了当时东亚，甚至世界的情报信息，当然也就先驳弃了荷兰人的观点，说明是荷兰人先入侵了大明的领土澎湖、台湾和一些沿海地区，才有大明反击荷兰人的战争，然后据理力争。
经过几天的的讨价还价，最终达成协议，签署定明荷条约。
条约规定澎湖台湾是大明的土地，荷兰人不可以侵占任何大明的区域，荷兰人可以到大明指定的地点经商，大明释放荷兰俘虏，当然有极个别对大明有用，被大明收买的俘虏除外。荷兰人通过放弃占领的土地获得了梦寐以求的贸易许可和购买大明丝绸的权力。
台湾和平条约的签订，为大明建立台海省提供了条件。台湾北部的基隆虽然还有西班牙在占领，但处在台湾生藩的包围中，活动范围局限于一域，可以暂时不管。
崇祯因势成立了台海省，台海省以台湾岛为主，金门岛，平潭岛划入台海省。台湾新建立的舰队和郑芝龙舰属于台海省，郑芝龙军以金门岛和澎湖列岛为驻军地。杨普舰队也因和平条约而迁到海南岛的崖州陵水一带驻扎。