晋和以后的反复发展，特别是蒙古人在元朝的统治，更是公开支大土地大贵族，江南的门阀制度更加深根蒂固。
明朝确立取士制度，江南人的文化风气较浓，考取功名的人较多，江南的士族在原先的门阀基础上，建立了士族把持社会的地方制度，明朝几百年，都没有对江南实行有效统治，很有办法的明太祖，也只是加重赋税，而没有其它方法。
江南地势重要，土地肥沃，是经济发展不可缺少的地方，是当今天下必争之地，对江南实行有效统治就是当今的一个大事。
江南在士族统治下，皇帝的任何政策，都必须经过士族处理后，才能有质扣的执行，魏忠贤也不能插手江南事务。
江南成为了当地士族的天下。土匪抢劫还是公开的抢劫，也自知是处于非法地位，江南士族对当地百姓的抢劫，则是隐形的抢劫，且还在当时朝政中据于合法的地位。
表面上，士族压下了江南的所有矛盾，但实质上，江南百姓的冤屈却数不胜数。海瑞任南直隶巡抚之年，告状求申冤者，络绎不绝，除了少量江南贵族固意请无赖乱告状外，大部分江南人告状是真正有冤屈的。
江南研究所成立了多年，江南的情况已基本掌握，只是处理问题的方法众人还在考虑中。
在崇祯心里，长江下游区域是下一步经济发展的关键地区，设想是以长江下游的纺织工业和手工业带动天下的经济发展。如果长江下游经济区有一个不受控制的江南区域，或只受江南士族控制的区域，将会严重影响天下经济的发展。
到崇祯七年之时，崇祯表示，处理江南事务，不要等处理方法完全成熟后才处理，可以一边想办法一边处理。
魏忠观式的处理，可能会受到过多的反对，因为魏忠贤许多打击江南士族的案例都是无中生有，证据不足，只是单纯打击江南士族，聚财的行为，说报力不足。
海瑞式的治理江南贪官的方法可以参考，因为有苦主，有证据。当时社会上，也普遍带有扶弱抑强的心理。
崇祯心里更明白，后世清朝占领江南后，满族人以官府的身份，还是巧立名目，巧取豪夺，瓦解了江南士族的力量，后经太平天国和清军的反复拉据剿刹，江南士族势已基本上被削除。在满清统治时期，江南士族有许多冤屈，江南百姓有更多的冤屈，且在清统治者的高压政策下，不能言，不能记录。
明末处理江南事务，可以运动新礼法，对不尊当时法律的士族实行打击，逐渐抑制江南士族的势力和气炎，甚至可以操家，限制江南士族的过份行为。再以一些江南的地方组织分散士族的权力，如城立商会，分散江南士族的财权，成立手工业会分散生产权，成立长江帮之类的帮会分散江南士族掌握人的权力等等。
处理江南的事务，可以走一步看一步，发现走对了，就继续走下去，有错误就及时发现及时更正。
与江南的士族