下，只可当一个造反者，李自成想了许多生存下去，继续造反的问题，也处理好了与张献忠等人和与官府的问题，但没有处理好与自己手下的将领问题，也没有想到加入满清等外部力量后的局势。农民军入北京后的所做所为，是李自成平时纵容下的结果，李自成当时也认为那些行为会败坏新朝的名声信誉，但制上不了。
现在的李自成也遇到了类似的自己不熟，思考得很少的问题，自己难以处理，好在现在的李自成手下没有那么多将领，有几个手下也完全听自己的，原先的李自成也只想个西王，不想与彼崇祯争天下，现在的李自成也只想求一场富贵，并不想争取更高的位置。
崇祯同意了李自成的辞职，推荐李自成到云南，管理一省的事务，煅练一下，学点新知识，管理一省的事务也许能行。
西京镇守缺人，首先还是西部地区调整。袁崇涣要管理好吴姓和祖姓军官团体，还要监视满族军队的动向，不宜轻易变动。
孙传庭原先打下了伊犁地区，与各民族的上层也熟悉，西部边界暂时无战事，接任军事上的西京镇守倒是合适。孙传庭回到西京伊犁，西部边界，哈萨克人中的小玉兹故地也不能无人指挥，于是启用在哈吐省的杨令，由杨令接管边境防守。
当时还确定了一些一般军事管理原则。
宋朝的兵无常将，将无常兵制度，也不是毫无意义，只是做得太极端了。几百人的营以下的单位，可以固定编制，官兵一体，有利于形成战斗力。营以下的战斗单位是所有正式军队都可存在的固定组织，不需要特批准。营可以合成旅，一个旅保存长久的固定编制则需要特批。
卢象升带的天象军，在太平后，只允许保留一个旅的固定编制，其他人员编入野战军或地方军。天象军缩编成天象旅，则尽量保留最精锐的人员，也转化为拥有最先进武器的部队。卢象升调到南京时，也可带到南京。
同样秦军也缩编为秦军旅，其他人员编入普通军队。
洪承畴原先没有组建特殊的军队，但有个亲兵营。
辽东军已经到了鄂毕河沿线，原先以吴襄和祖大寿两个师长带领的两个师为主力，现在师以上的军官都不能长期任职责，吴襄和祖大帮都以年老需要休息为理由，到了北京当了休闲将军。吴三桂原先是旅长，本希望升为师长、军长。但太平时期，除了统帅外，一般就只有旅长，吴三桂也只得在旅长位多担当一段时间，最多出任一下代师长之职。其它旅也是吴祖两姓的军官多，但袁崇涣驾驭得了，现在指挥多个旅感到更顺手。
新大明的军队都是走精兵路线，兵不多，但都十分精锐。
现在有情报系统，象原先左良玉那种军纪太差，乱民扰民的军队当定不能存在，也发展不起来，现在最大的军事团队也只是旅，任何军队都不可能发展到几万都而不知，满族军队都服从了朝庭，其它军队就再也不可能出现军阀现象，天下军队都由朝庭调