公司争取到建厂和贸易的特权，随后又获得了关税的优待。
在这样的政治保护下，公司得以蓬勃发展，迅速超越葡萄牙人成为印度最强大的外来势力。
护国主克伦威尔革命期间，公司进行了一场豪赌，坚定不移地站在皇室身边。
这让克伦威尔在掌权期间调整了公司的特许状，影响了公司的利益。可是皇室迅速复辟，公司的豪赌也因此得到了回报。
1662年，葡萄牙凯瑟琳公主与英王查理二世成婚，孟买作为嫁妆被带到英国，又在1668年被承包给公司。
1670年查理二世更发布了五条法律，授予公司自主占领地盘、铸造钱币、指令要塞和军队、结盟和宣战、签订和平条约和在被占据地区就民事和刑事诉讼进行审判的权利，公司作为英国海外的代理人。
1680年，公司建立了效忠公司而非不列颠的第一支武装力量。
1688年，公司将总部移至孟买，两年后开始开发加尔各答。
到1689年为止，不列颠东印度公司事实上已经不再是一个单纯的贸易公司。
她拥有了国家的特性，自主地控制着孟加拉、金奈和孟买的统治，拥有可怕的忠诚的，有威胁性的军事力量。
在1698年，公司又拥有了自己的格言：【从属于我们的赞助者——英格兰的王和国会】，更进一步松动了自己和英国的关系。
另一方面，英国自然不愿看到自己的聚宝盆渐行渐远。
1694年，议会通过非管制法案，允许任何英国公司与印度贸易，除非议会通过法案禁止该贸易，由此从实际上取消了詹姆士一世颁给公司的特许状。
1698年，在公司拥有格言之后，议会又通过法律建立了一个平行的东印度公司【英国东印度贸易公司】。
然而新公司才止落地，旧公司的股东就通过各种渠道掌握了超过16%的股权，达到股东多数，再不能依照议会的预想挑战和取代旧公司的地位。
1702年，两个公司合并，同时参加合并的还有政府的一些机构和两个其它公司。
这个合并公司的全名为【英格兰商人东印度贸易联合公司】，通过向政府出借320万英镑换得了此后三年的独一特权。
此后几十年间，议会和东印度公司之间纷争不断，公司希望自己成为一个永久性控制英国海外经济的组织，议会则不放过任何机会来占用公司的财富，同时不使它获得更大的自主权。
直到1770年，孟加拉大饥荒致使孟加拉地区16人口饿毙，在世人面前暴露出公司在行政领域的无力和缺陷。
公司被迫向英国求助，议会在1773年以《茶叶法案》（该法案最终导致波士顿倾茶事件与独立战争的发生）为要挟通过了《东印度公司法案》，最终明确建立了国会对公司的