秀全得知冯云山在广西干得很不错，于是去广西投奔冯云山。
冯云山这时在广西已经发展了3000教众，在几十个县都设了分会。冯云山率众以盛大的仪式迎接教主洪秀全，令洪秀全喜出望外。
洪秀全于是留在广西和冯云山一起传教，在传教过程中逐渐把拜上帝教的各种教义、仪式、组织完善化。他描绘得天堂般的未来世界对贫苦百姓很有吸引力。越来越多的百姓加入其中。
洪秀全领着教众砸神像自然会和当地人发生冲突。不过洪秀全现在人多势众，不会再让人追着跑。当地官绅于是上告官府主持公道。官府将冯云山捉了去。因为教会的具体事都是冯云山去办。洪秀全作为精神领袖隐居幕后，动口不动手。官府不掌握洪秀全的名字。
冯云山被抓，洪秀全设法捞人。他想到广州有个洋人朋友，就是那个美国神父。官府怕洋人。有洋人给垫个话，事情就好办了。洪秀全起身去了广州。不过他关键时刻离开广西也有避风头的意思。
广西这边群龙无首。教众不知道该听谁的，该怎么办，人心惶惶。教会出现散摊子的迹象。
这时，教中骨干杨秀清突然中邪，耳聋口哑。就在大家议论纷纷的时候，他又像鬼附体一般开始用一种奇怪的声音说话。他说他是天父耶和华，让大家都听他的。另一个教中骨干萧朝贵一看，这也行？“咣当”倒地，然后鲤鱼打挺跳起来，说我是天兄耶稣。
大家信以为真，于是重新聚合在天父天兄的周围。
教众凑钱去贿赂官府。冯云山很快被放了出来。冯云山亲自去广东请回了洪秀全。
洪秀全知道杨秀清、萧朝贵的天父天兄是装神弄鬼跳大神，但当时的情况也只能认下。耶和华一家三口于是在凡间团聚了。杨秀清、萧朝贵也从此成为教会的二、三号人物，位居洪秀全之下。教会实际创办人冯云山被挤到四号人物。
教会人数越来越多，势力越来越大，跟地方冲突越来越频繁，教会何去何从成了急需解决的问题。最急迫的问题是吃饭问题怎么解决？人数越来越多，吃饭的嘴越来越多，靠教众捐献毕竟有枯竭的时候。尤其是当年广西遭灾，粮食紧缺。
这时，杨秀清咣当倒地，说天父说了，我们反了吧。
1850年，洪秀全通知教众到金田村（属广西桂平）“团营”，也就是集结教众起义。
教众在金田蓄发易服，接受军事训练，打造武器。
《清史稿》记载：“是月（六月），广东花县人洪秀全在广西桂平县金田起事”。而现在的普遍说法是，洪秀全起义是在次年一月。
两种说法都没有错。洪秀全决定起义并开始集结队伍是在六月。集结完毕正式宣布起义是在次年一月。
洪秀全在正式宣布起义之前就已经跟清军开战了。官府听说洪秀全正在召集人马，相信他要图谋不轨，安排人抓捕他