帝儿子的血统也产生怀疑，同意废立。
桓温替太后起草圣旨，称晋废帝道德败坏，搞出这么大一个丑闻，生了三个孽障也不知道谁的儿子，欺骗祖宗，动摇皇家基业。因此废黜晋废帝，令其返家。
桓温召集百官宣读太后旨意。百官面面相觑不知所措。
桓温令人将晋废帝赶出皇宫。百官赶来送行。晋废帝面对群臣一言不发。
晋废帝知道传言都是谎言。但是谎言已经被认定为事实，他百口莫辩。床帏之事也没法辩。那时也没有dna亲子鉴定，他证明不了三个儿子都是他的。辩解不仅徒劳而且危险，会被认为死不改悔。
晋废帝回家后被桓温严密看管起来。晋废帝深居简出，闭门谢客，沉迷酒色，碌碌无为，每天就是吃了睡睡了吃。他生的三个儿子被桓温杀掉，他不敢作声。他的妻妾生了孩子他也不敢养，让人赶紧偷偷弄死。他小心翼翼的活着，生怕招惹桓温引来杀身之祸。
桓温迎立司马昱为帝，是为晋简文帝。
桓温以废帝立威，同时以立帝立功，升为丞相兼大司马，掌握了朝廷军政大权。
晋简文帝虽然贵为皇帝，实际上只是一个傀儡。
“温威振内外，帝虽处尊位，拱默而已，常惧废黜。”
桓温之所以选择他为皇帝就是因为他有做傀儡的特质。他做丞相时就是一个尸位素餐的丞相，不负责，不惹事，不参与任何纷争。桓温既不指望他支持自己，也不担心他反对自己。“温视之如视肉，徒有目而无手足”。
在时任侍中的大臣谢安认为晋简文帝跟白痴皇帝晋惠帝相比只不过“清谈差胜耳”。除了会扯淡，晋简文帝其实跟晋惠帝没什么区别，大愚若智，虚有其表。
晋简文帝懦弱无能，听任桓温摆布。桓温借助晋简文帝之手清除异己，巩固自己的权势。
晋简文帝从上台那一天起就开始担心桓温会不会把自己废掉，甚至杀掉，以至于忧惧成疾一病不起，仅仅在位8个月就死了。
晋简文帝死前召坐镇姑孰（安徽马鞍山当涂县）)的桓温回京，想把十岁的太子当面托付给他。但桓温迟迟不来。
桓温上书简文帝，要求简文帝明确告知他想传位给谁。另外，他声称自己年老多病，命不长久，不适合做辅政大臣。
既不愿做辅政大臣又要求确定继承人是谁，桓温似乎更希望晋简文帝把皇位禅让给他，而不是托孤。他不便明说就以这种方式暗示皇帝。
晋简文帝等不及桓温便口述诏书让桓温仿效周公辅佐他的儿子，并且补上一句“少子可辅者辅之，如不可，君自取之”。这话说得像当年刘备病榻托孤一样。
侍中王坦之见到诏书，当着晋简文帝的面把诏书撕了。遗诏怎么能这么写呢？这不等于把江山拱手送人？
晋简文帝说，我这皇位本来就是靠运