直打到长江口。那时上海还是小渔村，被称为“扈渎”。扈是一种打渔工具，类似竹栅。渎是指江河入海口地区。孙恩逆江而上杀入内陆地区。
刘牢之急派部将刘裕率军北上拦截。孙恩率数万人进攻丹徒（江苏镇江丹徒区），眼看就要攻陷城池。城内百姓已经拿起扁担准备做最后一搏。关键时刻，刘裕率军赶到。刘裕部队不顾行军疲劳，立即投入战斗，经过一番激战打跑了孙恩。
孙恩不甘心失败，退回船上继续西进，长途奔袭建康。
京城为之震动。百姓惊恐不安。司马道子无计可施，“唯日祷蒋侯庙为厌胜之术”。他天天去当地据说非常灵验的土地庙祈祷，对孙恩行诅咒之术。
刘牢之亲自率军日夜兼程增援建康。所幸孙恩战舰巨大又是顶风逆行，行驶非常缓慢。等他杀到建康附近，刘牢之已经回防到位。孙恩见无机可乘，只得怏怏离去。
刘牢之不肯放过孙恩，沿途追杀，利用火攻袭击孙恩的舰队。孙恩上岸劫掠更是遭到晋军的迎头痛击。刘裕在扈渎截住孙恩，跟孙恩展开大战，三战三捷。孙恩损失惨重，从此势衰。
司马元显发现晋军的水上优势丧失，大力发展水军。他加强水军的目的，一是对付孙恩，二是对付桓玄。
孙恩已经不足为患，司马元显决定讨伐桓玄。桓玄对朝廷的威胁比孙恩还大，已经出现割据自立的迹象。司马元显决定先发制人进攻桓玄。
402年，司马元显昭告天下历数桓玄的罪行，率军讨伐桓玄。
司马元显自封征讨大都督，任命刘牢之为前锋都督，率领经过升级扩建的舰队西征。
桓玄也不示弱，提兵迎战。他传檄天下历数司马元显的罪状，率领舰队东征。
晋军集结已毕。司马元显登上战船心里又没底了，迟迟不肯下令开拔。大军就在江边耗着。刘牢之一看他不走，自己也按兵不动。
桓玄顺江东行走了一半的路了都没见到司马元显的军队，心中大喜，知道司马元显怕了自己，挥军直杀建康。
司马元显听说桓玄杀来，弃船上岸，退守建康。
刘牢之对司马元显专权素有不满，不愿再替司马元显卖命，暗中投靠了桓玄。
桓玄大军兵临城下。司马元显列阵迎战却不敢临阵指挥，躲在家里。主帅怂成这样，手下将士更心虚了。桓玄的军队在城下列阵，大喝一声“放仗”（放下武器）！司马元显的兵“哗”一下都跑了。
桓玄兵不血刃进了建康。
他控制了朝廷，以晋安帝的名义将司马元显一家处斩、司马道子流放。朝中文武对司马元显素无好感，默然接受桓玄取代司马氏的现实。
桓玄任命刘牢之为会稽内史，让他交出兵权。刘牢之大怒，召集手下将领准备跟桓玄开战。他的参军刘袭对他说，你当初背叛王恭投降司马元显，刚不久又背