叛司马元显投降桓玄，现在又要背叛桓玄。“一人三叛，何以自立”！刘袭说完扭身走了。他的部将也随之散去。刘牢之羞愧难当，上吊自杀。他的军队和地盘全部被桓玄接管。
孙恩趁东晋内乱又上岸袭扰。但他的军队这时已经很少了，东晋地方部队就把他打败。孙恩不想被官军抓俘虏，跳海自尽。他的追随者几百人也跟着跳了下去。
孙恩死后，残余部众推举孙恩的妹夫卢循为首领。
桓玄刚刚入主建康，不愿多事，试图诏安海盗武装，任命卢循为永嘉太守。这给了海盗喘息的机会和东山再起的机会。“循虽受命，而寇暴不已”。卢循虽然接受了任命成为zf官员，但依然改不了海盗的残暴习性。
兵祸之后随之而来的是djh。“三吴大饥，户口减半，会稽减什三、四，临海、永嘉殆尽”。吴国旧地人口减少一半。会稽郡人口减少十之三四。临海（浙江台州章安镇）、永嘉（浙江温州）的百姓几乎都死光了。
桓玄入主建康后清洗朝堂，把司马道子、司马元显一派都撵走。那些人多是阿谀奉承的小人。朝野对此表示欢迎，以为国家有了复兴的希望。没想到桓玄哪里是为了国家，不过是为了自己更好地掌控朝廷罢了。他上来跟司马氏一个德行。
桓玄清洗完司马一党开始清洗刘牢之的部下，杀了包括刘袭在内的刘牢之旧将。当初如果不是刘袭反对刘牢之起兵反对桓玄，桓玄能不能在建康待得住都是一码事。等他在建康站稳脚跟便开始兔死狗烹。
桓玄以自己喜恶清洗朝廷。很多文武官员担心不测，流亡南燕或后秦、北魏。刘袭的哥哥刘轨起兵为刘袭报仇，被桓玄击退后北逃南燕。刘牢之的部分旧将也随之逃离东晋。
桓玄没有杀刘裕。刘裕是一位骁勇善战的大将。桓玄缺少这样的人才，对刘裕加以笼络、重用。
他派刘裕去打卢循。卢循接受招安却仍然为非作歹，行劫施暴，竟然公然派兵袭击东阳（浙江金华）。桓玄决定彻底剿灭这帮海盗。
刘裕果然善战，连战连胜，把卢循打得狼狈逃窜。
卢循不敢再待在江浙，渡海向南逃走。后来卢循夜袭番禺（广东广州），占领了广州。东晋因为桓玄之乱无暇顾及南疆。卢循在广州盘踞多年。
桓玄清洗异己之后相信朝廷已在完全掌控在自己手中，开始谋求篡位。