令将三千僧人全部处死。多亏天师道的天师寇谦之为僧人求情，拓跋焘信道，尊重寇谦之，饶僧人不死。但他对僧人参与战争非常不满。
僧人好装神弄鬼，声称自己通鬼神有法术，“能使鬼治病，且有秘术”，并且喜欢编造谶语，制造舆论。盖吴起事时就有民间流传谶语“灭魏者吴”，以至于大家都相信盖吴能成功，纷纷加入盖吴的队伍。拓跋焘怀疑这个谶语是僧人编造。如今在寺院发现兵器，拓跋焘更加相信僧人与盖吴勾结。
总之，拓跋焘认为佛教是北魏江山稳定的隐患，决定铲除祸根。
崔浩建议“悉诛天下沙门，毁诸经像”。
拓跋焘批准，下诏禁止信仰“胡神”（外来宗教，即佛教）及建造胡神的泥像铜像，违令者斩；胡教的经书、神像一律销毁；“沙门无少长悉坑之”。谁敢藏匿僧人，满门抄斩。
拓跋焘“先尽诛长安沙门，焚毁经像”。太子拓跋晃留守京城。他接到灭佛诏书后没有立即执行而是上书反对。因为他信佛。但他上书三次都被驳回，不敢抗旨不尊，只得传达灭佛令。但这么一耽误，很多僧人得到消息都跑进深山避难，或隐姓埋名藏入民间。
拓跋焘史称北魏太武帝。因此拓跋焘灭佛又被称为“太武灭佛”。
这是史上第一次灭佛行动，也是最惨烈的一次。“一境之内，无复沙门”。
佛家痛恨拓跋焘，更痛恨崔浩，认为灭佛完全是崔浩挑唆所至。崔浩后来被拓跋焘处死，佛家幸灾乐祸，称之为报应。其实崔浩被杀跟灭佛没一点关系。他是因为晚年修国史，据实记载北魏的黑历史，被鲜卑贵族告到拓跋焘那里。拓跋焘认为他有意丑化北魏的列祖列宗，下令将其处死。
南朝的刘宋没有灭佛，但对佛教的发展多加限制。佛教搞偶像崇拜，到处建造佛像、佛塔、寺庙，极尽奢华，耗费巨大，对社会的人力、物力、财力造成巨大浪费。有大臣要求限制无节制地建造佛像塔寺。“自今欲铸铜像及造塔寺者……须报乃得为之。”谁再搞这些东西必须上报官府批准后才能动工。刘义隆下旨要求各地遵照执行。
拓跋焘平定盖吴之乱后继续讨伐柔然。他亲自率军远征柔然，虽然未能将柔然彻底歼灭，但让柔然逃抛弃牛羊辎重远遁也基本达到远征的目的。“自是柔然衰弱，屏迹不敢犯魏塞”。北魏基本没有了后顾之忧。