不过根据后世的研究，元军东征失败与其说败在神风之下不如说败在经验不足上面。东征元军的战船多是平底船。这种船吃水浅，抗风浪能力差，适合在内河航行，不适合跨海作战。另外，根据考古发现，沉船碎片没有一块超过三米，大都是一米以内。这就是说，战船是用小块木板板拼接而成。这样的战船别说台风就是普通风浪也难以承受。这可能是赶工期赶出的豆腐渣工程。
还有一点也非常重要，元军舰船停泊时靠得太近。史书说元军将领张禧率部到达日本后便让士兵弃舟登岸，安营扎寨，然后“约束战舰，各相去五十步止泊，以避风涛触击”。言外之意，别人不愿费事筑造壁垒，安营扎寨，就让士兵睡在船上，并且停船时挨得很近，没有想到防风浪的事情。有说法是元军为了减少船的摇晃，用铁链把战船都锁到一起，就像曹操在赤壁做的事一样。结果台风来了，挨在一起的战船互相碰撞都撞烂了。“禧所部独完”，只有张禧的战船完好无损。
不管怎么说吧，元军第二次东征大败而回。
忽必烈不甘心失败，意欲三攻日本。他安排江南人为他建造海船，提供水手，准备组建海军。
他先前造船是找高丽人。但是事实证明，高丽人造船水平太差，净糊弄事。他让造船技术高超的江南人为他建造适合海战的战舰。
但是一方面时间紧任务重，江南百姓苦不堪言，另一方面江南人仇恨蒙古人，不愿意为蒙古人做事，江南因此民变频发。
“江南盗贼，相挺而起，凡二百余所，皆由拘刷水手，兴造海船，民不聊生，激而成变”。
忽必烈只得暂停东征计划。
另外，原先臣服元朝的占城（南越）现在又反叛元朝，忽必烈认为征讨占城比征讨日本更重要。打下占城，以占城为跳板征服“海外诸藩”，向东南亚扩张，比东征日本小岛更具有价值。日本太穷了，什么资源都没有。“其地多山水，无耕桑之利”，占领了也没什么意思。而东南亚无论是面积还是资源都比日本多。
占城是安南（越南）的属国，先前随安南一起臣服蒙古。忽必烈在占城设置行省管理，计划利用占城作为远征军的后勤基地，让占城提供军粮。占城不干，反了。元朝的扩张计划被打乱。忽必烈对此非常恼火。他放下日本，派新附军南下征讨占城。
他东征和南征都有借机消耗新附军的意图在里面。从这个角度讲，东征还是南征都无所谓。
1283年，元军千艘战舰从广州出发横穿南海杀向占城。
占城集结20万人迎战。两军一交手，占城一战死五万，二战死六万。这仗没法再打下去了，占城向元军投降。元军以为完成了任务，接了降表，撤出占城。可谁想到，元军前脚走，占城后脚又反了。
忽必烈大怒，派兵借道安南再伐占城。他知道安南跟占城是一气的，打算假道伐虢连同安南一起实施占领。安南也不傻，看出