不过是偷鸡摸狗而已，对明朝政权已构不成威胁。
主要威胁被除掉，朱元璋腾出手来开始清剿后方的元朝残余势力。
1377年，朱元璋派兵西征蕃部川藏。
当年盛极一时的吐蕃王朝崩溃后，青藏高原出现诸多大大小小的割据政权。吐蕃不再是一个统一国家，因而被称为吐蕃诸部。吐蕃诸部混战四百年。蒙古人打进青藏高原后，吐蕃诸部无力抵挡便通过议和臣服了蒙古人。
藏传佛教萨迦派教主八思巴替蒙古人创造了蒙古文，深受忽必烈赏识，被封为法王、帝师，进而成为藏传佛教的总教主。依靠宗教的影响力，吐蕃诸部在形式上统一起来。萨迦派成为吐蕃诸部的执政党，掌握吐蕃诸部的政教大权。后来萨迦派势力渐衰，沦为在野党。新崛起的教派噶举派成为新一届执政党。
元朝崩溃后，萨迦派教主亲自去南京朝拜朱元璋表示归顺，交出元朝的印信，接受明朝的册封。朱元璋封他为国师，享受四品官待遇。后来明朝发现噶举派掌握着西藏大部分地区的政权，于是封噶举派教主为法王，代管西藏。
当时还有一个新创立的教派，格鲁派。创始人叫宗喀巴。他的两大传承弟子后来被称做达赖和班禅。清朝以后，格鲁派成为西藏的主流教派。
西藏外围的吐蕃诸部不肯臣服明朝。生活在甘肃、青海一带的川藏部劫杀明朝派往西藏的使者，隔绝明朝跟西藏的联系。
朱元璋被邓愈、沐英两位将军率军讨伐川藏部。明军没费什么力气就打到青藏新疆交界的昆仑山，征服了整个青海。
明军留兵守住要害之地，班师回朝。
现在明朝只剩下云贵、东北地区还没有收复，仍在蒙古人手里。这些地方地处偏远，很少有汉人定居。明太祖把这些地方看做可有可无。他不想用兵，派人出使云贵、东北，希望说服他们臣服明朝。
没想到明太祖多次派人前往云南劝降，使者都被云南王把匝剌瓦尔密杀害。明太祖被激怒，派军讨伐云南。
1381年，傅友德、蓝玉、沐英几位将军率领30万大军南征云贵地区。
明太祖亲自制定作战计划，安排一支部队作为奇兵先期出发，进攻乌撒（贵州毕节威宁县），吸引敌人的注意力和兵力，然后让主力部队趁虚而入直取曲靖、昆明。
傅友德于是派部将胡海洋率军五万杀往乌撒。胡海洋杀入贵州，沿途攻击不肯臣服明朝的蛮族部落，搞得鸡飞狗跳。把匝剌瓦尔密被惊动，急忙调兵遣将阻击胡海洋。
傅友德趁机率领主力杀往云南，连克普定（贵州安顺）、普安（贵州六盘水盘州市），顺利杀至曲靖。
把匝剌瓦尔密在明军杀至普定时已经判定明军的目标是曲靖，急调十万精兵布防白石江
白石江从东西向从曲靖城前流过，就像曲靖天然的护城河。